W tym czasie zaczął też publikować swoje pierwsze książki – powieść społeczną Dziecko salonu (1904),powieści  Mośki, Joski, Srule (1909) i Józki, Jaśki, Franki (1910).
W latach 1907–1908 oraz w 1910 przebywał za granicą (Berlin, Londyn), gdzie chodził na wykłady i odbywał praktyki w klinikach.

 W 1912 r. został  dyrektorem Domu Sierot dla dzieci żydowskich.  Kierował nim razem ze Stefanią Wilczyńską  (dom sierot w gmachu przy ul. Krochmalnej 92  w Warszawie - dziś Jaktorowska 6). 
W wychowaniu swoich podopiecznych stosował nowoczesne metody. Podkreślał niezależność dziecka, potrzebę poszanowania jego praw. 

Po wybuchu I wojny światowej został powołany do wojska rosyjskiego.  W 1918 r. powrócił do Warszawy, ale już rok później został ponownie powołany do udziału w wojnie polsko-bolszewickiej. Służył jako lekarz Wojska Polskiego w wojskowych szpitalach w Łodzi oraz w Warszawie.

Po wojnie wrócił do Domu Sierot na Krochmalną.  Dom Sierot działał  do listopada 1940 roku. Po utworzeniu getta dzieci oraz wychowawcy zostali przeniesieni do budynku Państwowej Szkoły Handlowej przy Chłodnej 33. W październiku 1941 r. Dom Sierot przeprowadził się na Sienną 16, skąd na początku sierpnia 1942 r. (5 lub 6 sierpnia) dzieci i wychowawcy zostali wyprowadzeni na Umschlagplatz i wywiezieni do obozu zagłady Treblinka II.  

Korczak angażował się w działalność wielu organizacji społecznych, m.in. Towarzystwa Kolonii Letnich, Towarzystwa Badań nad Dzieckiem, Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego, Stowarzyszenia Akuszerek czy Warszawskiego Towarzystwa Higienicznego. Wspierał także tworzenie domu sierot dla polskich dzieci. Utrzymywał kontakt z Marią Falską, która założyła Zakład Wychowawczy „Nasz Dom” w Pruszkowie, a w 1928 r. przeniosła go na Bielany. Od 1921 r. Dom Sierot przy Krochmalnej miał swoją podwarszawską filię w Wawrze – „Różyczka". Latem organizowano tam kolonie dla wielu sierocińców warszawskich. 

31 maja 1978 r. na terenie dawnego niemieckiego obozu zagłady w Treblince ustawiono głaz z tablicą upamiętniającą dzieci z sierocińca oraz Janusza Korczaka.  

W 40. rocznicę śmierci na cmentarzu żydowskim przy ul. Okopowej odsłonięto pomnik stanowiący symboliczny nagrobek Korczaka. 

Do naszych czasów ocalał budynek pierwszego Domu Sierot przy ul. Krochmalnej 92 (obecnie Jaktorowska 6). Obecnie mieści się tam Dom Dziecka Nr 2 im. Janusza Korczaka oraz Ośrodek Dokumentacji i Badań Korczakianum. Przed wejściem ustawiono rzeźbę patrona. W miejscu ostatniej siedziby Domu Sierot przy ul. Siennej 16 w 2006 r. odsłonięto rzeźbę upamiętniającą Korczaka oraz żydowskie sieroty.

 
“Czym jest dziecko […]? Czym jest ta połowa ludzkości, żyjąca razem i obok nas w tragicznym rozdwojeniu? Nakładamy na nią brzemię obowiązków jutrzejszego człowieka, nie dając żadnego z praw człowieka dzisiejszego.”

 
“Pozwól dzieciom błądzić i radośnie dążyć do poprawy.”

 
“Dziecko ma prawo być sobą. Ma prawo do popełniania błędów. Ma prawo do posiadania własnego zdania. Ma prawo do szacunku."

"Nie ma dzieci – są ludzie.”

"Dzieci - to przyszli ludzie. Więc dopiero będą, więc jakby ich jeszcze nie było. A przecież jesteśmy: żyjemy, czujemy, cierpimy."

"Umysł dziecka - las, którego wierzchołki lekko się poruszają, gałęzie splatają, liście drżąc dotykają."

"Dziecko małe , lekkie, mniej go jest. Musimy pochylić, zniżyć ku niemu."

"Bo dorosłemu nikt nie powie: "Wynoś się",  a dziecku często się tak mówi. Zawsze jak dorosły się krząta, to dziecko się plącze, dorosły żartuje, a dziecko błaznuje, dorosły płacze, a dziecko się maże i beczy, dorosły jest ruchliwy, dziecko wiercipięta, dorosły smutny, a dziecko skrzywione, dorosły roztargniony, dziecko gawron, fujara. Dorosły się zamyślił, dziecko zagapiło. Dorosły robi coś powoli, a dziecko się guzdrze. Niby żartobliwy język, a przecież niedelikatny. Pędrak, brzdąc, malec, rak - nawet kiedy się nie gniewają, kiedy chcą być dobrzy. Trudno, przyzwyczailiśmy się, ale czasem przykro i gniewa takie lekceważenie."