El proceso de conversión en Ignacio lleva consigo una apertura sobre la vastedad del mundo. Quedará eso definitivamente incorporado en el carisma que él legara más tarde a la Compañía de Jesús.

Comenzó a leerlas y, de vez en cuando, las dejaba de lado para “soñar despierto”. Iñigo fue descubriendo que en él se alternaban dos tipos de ensueños: en uno estaba allá en la Corte española realizando grandes proezas caballerescas para la dama de sus amores; y en otro, quería ser como San Francisco y Santo Domingo y hacer grandes obras por Cristo. Siendo quien era, comenzó a investigar estos ensueños y descubrió que, después de soñar con la corte, la dama de sus amores y todas las grandes proezas que por ella iba a hacer, quedaba interiormente bastante inquieto y perturbado. En cambio, cuando soñaba despierto en Francisco y Domingo y anhelaba hacer como ellos grandes cosas por Dios, quedaba interiormente muy a gusto y en paz.

Por las circunstancias de la vida, Iñigo sale de su modorra espiritual y se encuentra con el Señor que es capaz de llenar en plenitud su vida. Sus experiencias mundanas del hombre de corte y de hombre de armas quedan reducidas a algo muy pequeño comparadas con la aventura caballeresca de encontrarse con nuestro Señor. Así llegó Iñigo a conocer la diversidad de los espíritus que lo agitaban. Fue el comienzo del “discernimiento de espíritus” y el de su conversión.

Diversas etapas deberá cruzar en este período de formación: el maestro de escuela, la Universidad española y, por último, la Universidad de París. A pesar de la dificultades y contratiempos, no dudará en emprender los estudios más serios de su época hasta adquirir un título universitario.

Surge también la necesidad de crear un equipo apostólico. Ya en España, en su período de estudiante, comienza Ignacio a descubrir la necesidad de trabajar con otros y compartir con otros su experiencia apostólica. Los fracasos no lo desaniman en esta materia. Después de diversas experiencias, logra finalmente en París crear un grupo de “amigos en el Señor” para trabajar con ellos por el Reino de Dios.
Con una paciencia y una visión sobrenatural va formando a sus compañeros y templándolos en el espíritu de generosidad y de discreción.

Este paso de conversión es tanto más notable cuando más decadente era la Iglesia en su tiempo. A San Ignacio le toca vivir en pleno período de la Reforma y conoció mejor que nadie la corrupción de las estructuras eclesiales. Tal vez por la experiencia propia de pecado no se escandalizó de la Iglesia ni se apartó de ella sino que comprendió su propia conversión en el seno de una Iglesia que debía ser interiormente reformada. Fruto de esta experiencia es el voto especial de obediencia al Papa, que fue le primer fundamento de la Compañía. Del Vicario de Cristo esperaron los primeros compañeros formados por Ignacio las misiones para ser esparcidos por la tierra.

Estas etapas, en cierta manera, expresan el carisma ignaciano que la Compañía trata de vivir. La conversión de Ignacio se fue paulatinamente cristalizando hasta llegar a su plena madurez en los últimos años de Roma. La discreta caridad, fórmula tan querida por San Ignacio, pasó de las exterioridades, de lo aparente y vistoso a un servicio humilde y universal, hecho con otros compañeros para servir a las almas por amor profundo a nuestro Señor Jesucristo.

En este largo camino Dios tomó el tejido de Ignacio y con él hizo su obra sin destruirlo. San Ignacio cambió el sentido de muchas de sus grandes actitudes, pero su naturaleza íntima permaneció en el soldado de Pamplona, en el Fundador y en el Superior de la Compañía. La gracia, la conversión dejará intactos ciertos rasgos de carácter. Hay aquí un aspecto importante para la psicología de la conversión: ser santo, seguir a Cristo no significa dejar de ser uno mismo u olvidar sus raíces, su temperamento y su historia. Si en el primer momento hubo una ruptura, en cierta manera más adelante Ignacio se recuperó; San Ignacio era un caballero como el Quijote y continuará siéndolo hasta el fin de sus días, pero habiendo cambiado el objeto de sus sueños y de sus luchas. 

En el momento de su herida, en Pamplona, se nos muestra como un hombre con muchas condiciones de jefe: con una gran capacidad de tener opiniones propias y con autoridad moral para defenderlas. Además, será un hombre lleno de valentía para hacer cosas grandes.