Hipatia fue también inventora. Construyó un planisferio celeste y diseñó un hidroscopio; instrumento que sirve para pesar líquidos.

Pero se sabía que era amiga del gobernador Orestes, y -a diferencia de él- ella sí podía caracterizarse como una pagana... no era ningún secreto.

Empezaron a correr rumores de que ella era una influencia maligna para el gobernador, que su amistad había impedido que él se convirtiera en un cristiano verdadero, como lo era Cirilo.

Las observaciones astronómicas eran clave para decidir la fecha de Semana Santa. Una conjetura era que los cálculos astronómicos de Hipatia señalaron una fecha distinta a la que había anunciado Cirilo, lo que socavaba su autoridad.

Lo que se sabe actualmente es que un grupo de cristianos obstruyó el camino del carruaje de Hipatia cuando ella iba a casa.

La sacaron de su carruaje, la arrastraron hasta una iglesia y la desnudaron.

No está claro si la apalearon hasta la muerte o si la desollaron viva, pero la opción que los especialistas creen más probable es la segunda. Luego despedazaron su cuerpo y lo quemaron, en una aproximación grotesca al sacrificio de un animal para un dios pagano.

Aparte de los comentarios a importantes obras, Hipatia tuvo tiempo para más. Impartió clases, que no eran como las actuales, sino que se trataba de diálogos en los que ella discutía con los alumnos sobre filosofía, matemáticas, astronomía, ética o religión. En estas clases, se trasmitía la doctrina neoplatónica, influenciada, a su vez, por los pitagóricos, por lo que se apoyaba la igualdad de género y se fomentaba la educación de todas las personas, independientemente de su cultura, clase social o género. Este hecho atraía a intelectuales de diferentes partes del mundo, quienes acudían a la ciudad para formarse sobre las diferentes concepciones filosóficas y científicas.