U mjesto s kojeg je isplovio vraćen je u lancima. Na kraju ga je španjolski kralj zakinuo čak i za obećanu nagradu. Možda je to bila ironija sudbine, jer mnogo godina ranije i on je učinio isto jednom običnom pomorcu kojem je pripadala nagrada što je ugledao traženu zemlju. Kristofor je na kraju umro sam, ne znajući kamo je na svoja četiri putovanja zapravo došao. 

Usprkos svim tim pogreškama, kad čujemo riječ „istraživač“ njegovo ime nam prvo pada na pamet. Njegovim pomorskim putovanjima započelo je Novo doba. Umro je na kopnu, ali su mu posmrtni ostaci nekoliko puta putovali prije nego što su konačno našli spokoj. Najprije je sahranjen u španjolskoj Sevilli, a zatim prenesen u Santa Domingo na Karibima. Slijedeće mu je počivalište, kažu, bilo na Kubi, odakle je navodno naposljetku vraćen u Španjolsku, odakle je 1492. i krenuo. Nitko ne zna jesu li posmrtni ostaci u raskošnom sarkofagu u seviljskoj katedrali doista njegovi.