Os primeiros descontentamentos de Portugal com esta União, tiveram início com a ascensão de Filipe II ao trono, tendo como argumento sua ilegitimidade consanguínea e o não cumprimento de algumas cláusulas do acordo feito perante as Cortes  de Tomar  em 1581. A Restauração teve apoio de nobres e aristocratas, que vinham se organizando desde 1638 contra as políticas de descentralização e neutralização, administradas pelo duque de Olivares .

O novo rei não foi aclamado como o esperado e ainda teve que encarar a desconfiança do povo, que aguardava o retorno do encoberto que libertaria-os do julgo espanhol. Foi o messianismo Bragantino que acabou sendo utilizado para legitimar a ascensão de D. João IV , baseado na lealdade dos nobres e na dinastia que descendia de D. Manuel. Acompanhado do surgimento do nacionalismo na figura do Quinto Império, buscava relacionar as glórias do passado e vitórias do futuro.