La laguna Alsina es el primer espejo importante del sistema. Recibe los aportes del arroyo Sauce Corto y de otros dos arroyos de escorrentía temporaria, el Cura Malal Grande y el Pescado, este último es la continuación del arroyo Quiniguá.

Luego de un período de lluvias abundantes, la laguna Alsina creció notablemente en su superficie, unificándose con la antigua laguna de Inchauspe, ubicada hacia el nordeste. El borde septentrional de esta última es definido por un terraplén, el cual evita que, en épocas de inundaciones, penetre en el sistema los excesos de otras lagunas pertenecientes a la cuenca del río Salado. Para evitar que en épocas de copiosas lluvias el sistema de las Encadenadas se sobrecargue, la laguna Alsina (vía laguna Inchauspe) también puede drenar artificialmente hacia la cuenca del Salado, salvando la diferencia altitudinal entre ambos sistemas mediante bombas hidráulicas, las que elevan las aguas para volcarlas en un canal, que luego las transporta a la laguna del Tordillo y desde está pasan por otro canal (el cual recibe también aguas de las lagunas de Juancho y de La Linda) que se conecta con el arroyo Vallimanca, un afluente del Salado. La laguna Alsina poseen también otro espejo satélite comunicado por bañados y juncales, la laguna Aguará. En esta desemboca el canal Ameghino, drenaje artificial al cual se responsabiliza de buena parte de los excesos hídricos que inundaron a la cuenca en la década de 1980.

Antiguamente, las lagunas Blanca Grande, del Tordillo, Juancho, etc., eran alimentadas por el arroyo Huáscar y drenaban por la cañada Larga hacia el Vallimanca. El canal Ameghino alteró el funcionamiento, haciendo que los aportes del Huáscar pasen a engrosar a la cuenca de las Encadenadas, provocando las inundaciones de la década de 1980. En 1995 se canalizó y ensanchó la cañada Larga.

Los excesos hídricos de la laguna Alsina son traspasados, por pendiente natural, hacia la laguna Cochicó (de una altitud de 105 msnm), a través de un canal, cuyo caudal es regulado mediante una compuerta y que posee también una estación de bombeo para invertir el proceso, la que fue inaugurada en 1995. Ambas lagunas están separadas por un pequeño istmo de alrededor de 1000 metros de ancho. Cochicó también colecta los aportes del arroyo homónimo, de régimen temporario, el cual es alimentado por algunas cañadas próximas; sin embargo, antes de volcar su caudal en el espejo se le une un brazo intermitente del arroyo Cura-Malal Grande.

Al igual que ocurre con la laguna Alsina, los excesos de la laguna Cochicó son drenados hacia el siguiente cuerpo acuático, buscando las aguas la menor pendiente a través del canal Los Álamos, regulado por una compuerta, el cual desemboca en la laguna del Monte. El canal se encuentra en proximidades de la Estación Álamos. Esta laguna también es alimentada por el arroyo Guaminí, el que a su vez recibe los aportes de los arroyos Corto y Malleo-Leufú. 

Las costas de la Laguna del Monte son muy accidentadas, con grandes desniveles y barrancas toscosas. En su ribera sudeste se encuentra la ciudad de Guaminí, la cual está protegida del crecimiento de la laguna por medio de terraplenes.

La laguna del Monte descarga sus acumulados hídricos en la laguna Del Venado. Al igual que las anteriores, el traspaso se realiza por medio de un canal, el cual desemboca en una laguna interpuesta entre ambas (la laguna La Dulce), que en realidad es un golfo de la del Venado. Esta también recibe los aportes del arroyo del Venado.

La laguna del Monte vierte sus excedentes en la laguna La Paraguaya (laguna Alpataco), la cual en épocas de escasez de lluvias se llega a secar por completo. La concentración salina de sus aguas es, por consiguiente, muy elevada.

 

La laguna La Paraguaya evacúa sus superávits hacia el último espejo acuático de la cuenca, la laguna Epecuén, con la cual se unifican en épocas de crecientes extraordinarias formando un único cuerpo lacunar. La entrada se regula mediante un dique de tierra y una compuerta (denominada “Rolito”). También recibe los aportes del arroyo Pigué (el cual captura la escorrentía de los faldeos de la sierra de la Ventana) y de varios otros de menor relevancia.

La laguna Epecuén es el destino final de los excesos pluviales que ocurren en todo el sistema de las Encadenadas, al encontrarse en el punto de menor altitud de la misma, en el fondo de una amplia área con pendiente deprimida hacia su interior, por lo que le es imposible drenarlos; solo la evaporación hace disminuir su volumen. Esto hace que históricamente sea la que más ha sufrido las contingencias de la variabilidad de los ciclos pluviométricos, disminuyendo su superficie y elevando enormemente su salinidad, como respuesta a ciclos de lluvias desfavorables, o aumentando su superficie y reduciendo su halinidad luego de ciclos de acumulados superiores al promedio habitual.

Al estar concentrados sus componentes químicos, estos les conferían a sus aguas cualidades curativas, por lo que eran el destino de un flujo turístico que buscaba en ellas remediar sus afecciones respiratorias y dermales. A fines de la década de 1970, como consecuencia de la derivación hacia la cuenca de aguas que originalmente fluían hacia el río Salado, sumado a la aparición de un ciclo intensamente lluvioso, determinó que el primigenio espejo diminuto, elevase unos 10 metros su cota, transformándose en una laguna amplia, profunda y permanente. Esto último ha afectado a los campos e infraestructura existente en sus márgenes, destacando en este aspecto la desaparición de la ciudad turística de Villa Epecuén a mediados de la década de 1980. Hasta el año 1993 su ascenso continuó, y desde ese momento comenzó a retroceder, dejando al descubierto a la inundada ciudad, la que ha quedado en ruinas, las que son visitadas por turistas asombrados del atípico paisaje.