Durante el interinato de Comonfort hicieron su aparición leyes abiertamente anticlericales y anti fuero, la ley Juárez, ley lerdo y la ley Iglesias reunían estos dos principios anteriormente mencionados, si bien estas leyes generaron conflicto entre los conservadores, la iglesia y algunos jefes militares con los liberales, fue la promulgación de la constitución de 1857 lo que finalmente provoco la ruptura entre el bando liberal y el conservador ya que en dicha constitución se reafirmaba la desaparición de fueros, la desamortización de bienes de la iglesia además de las garantías individuales. Tras ese documento el general Félix María Zuloaga lanza  el plan de Tacubaya en donde desconocía la constitución.

El gobierno conservador comenzó la estructura política de la época de Santa Anna. Contaba con el reconocimiento de los ministros extranjeros, del Ejército y de la Iglesia, la cual aportó parte de su riqueza para los gastos de la guerra y amenazó con excomulgar a quienes siguieran a los liberales. En ese contexto, el conservador María Feliz Zuloaga proclama el plan de Tacubaya, en el cual desconocía la Constitución. El presidente Ignacio Comonfort apoyó a Zuloaga  y mando encarcelar a Benito Juárez, presidente de la Suprema Corte de Justicia. A las pocas semanas, Zuloaga desconoció a Comonfort y se proclamó presidente. Al verse traicionado Comonfort liberó a Juárez y esta asumió la presidencia de México. De esta manera, México tuvo simultáneamente dos gobiernos: uno conservador, encabezado por Zuloaga en la capital del país, y otro liberal encabezado por Juárez.

La guerra de reforma tuvo tres etapas: durante 1858 el grupo conservador obtuvo importantes victorias; al año siguiente, 1859, las fuerzas se equilibraron y en la tercera etapa, en 1860, se definió el triunfo de los liberales.

En Veracruz Juárez promulgo la mayor parte de las Leyes de Reforma, que pretendían quitar poder económico y político a la iglesia. 

Después de los tres años que duró la guerra civil, los dos bandos se enfrentaron en una última batalla el 22 de diciembre de 1860 en Calpulapan, donde los liberales vencieron. Juárez entro triunfante en la capital y convocó elecciones.

Ganó con una victoria justa y Benito Juarez fue proclamado presidente con González Ortega a cargo de la Corte de Justicia, lo que implicaba ser el sustituto al presidente si le pasara algo a este.

*Ascenso político de los liberales

*Constitución de 1857

*Plan de Tacubaya 

*Ley Juárez

*Ley Lerdo

*Leyes de reforma 

*La elección como presidente constitucional de Benito Juárez

* Tratado Mon-Almonte y Tratado McLane-Ocampo

*Se formaron las primeras directrices liberales y el inicio de una nación moderna en México.

*Se crearon también leyes que tenían objetivo principal desligar el poder eclesiástico y moral del estado civil mexicano. Que eran también conocidas como las leyes de Reforma que finalmente dieron paso al matrimonio civil, libertad de cultos y registro civil.

*Estas leyes marcaron un hito en la política mexicana pues estas permitirían que el país lograse desarrollarse tanto en ámbitos:

   -Políticos

   -Económicos

   -sociales

   -culturales

*Una gran serie de libertades y derechos humanos fueron entregados al pueblo mexicano.