การที่รัฐบาลไทยไม่ยอมแก้ไขหนังสือสัญญาทางพระราชไมตรีและข้อตกลงเกี่ยวกับการค้าขายกับอังกฤษและสหรัฐอเมริกา ทำให้เกิดความตึงเครียดใน พ.ศ. 2393 มิชชันนารีทั้งหลายถึงกับเกรงว่าจะเกิดสงครามขึ้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงตระหนักถึงอันตรายจากการที่ไทยไม่ยอมประนีประนอมกับชาติตะวันตก โดยทรงดูจากจีนและพม่าที่ตกเป็นเมืองขึ้นของต่างชาติ ตลอดจนทรงตระหนักถึงความจำเป็นของวิทยาการสมัยใหม่สำหรับอนาคตของชาติ จึงได้ทรงประกาศเจตนาว่ายินดีจะทำสนธิสัญญาฉบับใหม่กับอังกฤษและสหรัฐอเมริกา โดยบรรณาธิการหนังสือพิมพ์สิงคโปร์ฟรีเปรสได้นำจดหมายของเรเวอเรนด์ ยอนเทเลอโยนส์ ลงพิมพ์ มีใจความว่า
"เจ้าฟ้ามงกุฎได้ตรัสอย่างชัดเจน ว่าทางการที่ปฏิบัติต่อคณะทูตเมื่อปีก่อนนั้นทั้งหมดเป็นไปด้วยความเห็นผิดเป็นชอบของคน ๆ เดียว และถ้าคณะทูตกลับมาอีก ก็คงจะได้รับความต้อนรับโดยเมตตา ไม่ต้องระแวงว่าความประสงค์อันสำคัญยิ่งของคณะทูตจะไม่สำเร็จดังปรารถนา"   สนธิสัญญาเบาว์ริงนี้มีเนื้อหาคล้ายกับสนธิสัญญานานกิงซึ่งจีนลงนามร่วมกับอังกฤษภายหลังสงครามฝิ่นครั้งที่หนึ่ง ใน
พ.ศ. 2385 และก่อนหน้าสนธิสัญญาเบาว์ริงเพียงหนึ่งปี (พ.ศ. 2397) สหรัฐอเมริกาก็บังคับให้ญี่ปุ่นเปิดประเทศด้วยการลงนามในสนธิสัญญาคานางาวะโดยใช้สนธิสัญญานานกิงเป็นต้นแบบ สนธิสัญญาเบาว์ริงถูกเรียกว่าเป็น "สนธิสัญญาที่ไม่เป็นธรรม" หรือ "สนธิสัญญาที่เสียเปรียบ" เนื่องจากสยามไม่อยู่ในตำแหน่งที่จะเจรจาได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ความเกรงกลัวในแสงยานุภาพทางทหารของอังกฤษในสงครามฝิ่นครั้งที่หนึ่ง ซึ่งได้ทำให้รู้สึกท้อถอยที่จะป้องกันมิให้มีการค้ากับชาติตะวันตก โกวิท วงศ์สุรวัฒน์ ระบุว่า ความต้องการสำคัญของอังกฤษก็คือการเข้ามาค้าฝิ่นได้อย่างเสรีในสยามและไม่ต้องเสียภาษี และอังกฤษพร้อมทำสงครามกับสยามอยู่แล้วหากการเจรจาไม่ประสบผล

จอห์น เบาว์ริง อยู่ในกรุงสยาม 1 เดือน และใช้เวลาประมาณ 1 สัปดาห์เจรจากับ “ผู้สำเร็จราชการฝ่ายสยาม” 5 พระองค์และคน คือ

จอห์น เบาว์ริงกล่าวยกย่องผู้แทนรัฐบาลไทยสองท่าน ว่ามีความเห็นสอดคล้องกับตน ได้แก่ เจ้าพระยาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง) และพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงวงษาธิราชสนิท สำหรับเจ้าพระยาศรีสุริยวงศ์นั้นได้ตำหนิระบบผูกขาดและการทุจริตของชนชั้นสูงอย่างรุนแรง และออกปากจะช่วยทูตอังกฤษในการแก้ไขสนธิสัญญา ถึงกับทำให้เบาว์ริงสงสัยว่าจะพูดไม่จริง แต่สุดท้ายก็ยอมรับว่าเป็นคนพูดจริงทำจริง และได้สรรเสริญว่าเป็นบุคคลที่ฉลาดยิ่งกว่าคนอื่นที่พบปะมาแล้ว

ส่วนอีกด้านหนึ่ง เบาว์ริงได้ตำหนิสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยุรวงศ์และสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาพิไชยญาติ ผู้มีความคิดในการค้าผูกขาด และคัดค้านข้อเสนอของทูตอังกฤษอยู่เสมอ เบาว์ริงเห็นว่า ทั้งสองคนนี้เองที่ทำให้การเจรจาขอแก้ไขหนังสือสัญญาทางพระราชไมตรีในช่วงปลายรัชกาลที่ 3 ไม่ประสบความสำเร็จ

ใน พ.ศ. 2398 เจ้าพระยาพระคลังได้ขอดูหนังสือสัญญาระหว่างญี่ปุ่นกับสหรัฐอเมริกากับเทาเซนด์ แฮริส ทูตอเมริกันที่เข้ามาขอทำหนังสือสัญญาทางพระราชไมตรี แต่แฮริสไม่ต้องการให้เห็น จึงได้บ่ายเบี่ยงว่าไม่ได้นำหนังสือติดตัวมาด้วย จึงทำให้เมื่อเปรียบเทียบกันแล้ว ไทยยังเสียเปรียบประเทศเอเชียอื่นที่ถูกบีบบังคับให้ทำสนธิสัญญาในลักษณะเดียวกัน

เดิมก่อนหน้าสนธิสัญญาเบาว์ริง ไทยเคยเก็บภาษีขาเข้าจากพ่อค้าฝรั่งถึงร้อยละ 8