La reserva está dividida en cuatro secciones y es posible que la haya visitado sin darse cuenta. La más grande incluye un bloque largo al oeste del Quilotoa, donde nacen las vertientes y riachuelos que agua abajo alimentarán al río Toachi.

La segunda zona, ubicada al noreste, es el bloque donde están los Ilinizas y el Corazón. El tercer bloque está al suroccidente, separado de la sección más grande por la carretera Latacunga – La Maná. El cuarto bloque es una especie de isla de 800 hectáreas que básicamente rodea la laguna del Quilotoa.

Ingreso La Virgen: Se debe tomar la vía Panamericana Sur hacia Machachi. De la vía principal, por una asfaltada se llega a la parroquia El Chaupi; de aquí por una vía de segundo orden se llega al sector de La Virgen.

En las partes más bajas existe un bosque nublado caracterizado por el alto nivel de diversidad de epifitas. En el Bosque Integral Otonga se encontró que algunas especies notables fueron Cedrela odorata, Otoba novogranatensis, Carapa guianensis, Nectandra obtusata, Myrcia splendens, Schweilera caudiculata, Nectandra spp., Croton magdalenensis, Ficus spp., Cinchona sp. y Cecropia spp.

Algunas especies endémicas de los bosques nublados del Chocó y amenazadas de extinción a escala global se han reportado en estas localidades, como el tororoí gigante (Grallaria gigantea), el tororoí bigotudo (Grallaria alleni), el mochuelo nuboselvático (Glaucidium nubicola), el calzadito canoso (Haplophaedia lugens) y el corcovado dorsioscuro (Odontophorus melanonotus). La localidad conocida como Caripero es el único sitio donde se ha registrado recientemente al periquito orejiamarillo (Ognorhynchus icterotis), especie críticamente amenazada que posiblemente está extinta en Ecuador, ya que no se la ha vuelto a encontrar en esta localidad en los últimos seis años.