Grazie a un documento che portava con sé attestante la partecipazione alla guerra civile spagnola che gli garantiva assistenza diplomatica, ottenne dall'ambasciata una cittadinanza fittizia e un passaporto spagnoli, intitolati all'inesistente «Jorge Perlasca». Tra le altre mansioni, fu impegnato con l'ambasciatore Ángel Sanz Briz nel tentativo di salvare gli ebrei di Budapest, ospitati in apposite «case protette» soggette all'extraterritorialità per la copertura diplomatica, dietro il rilascio di salvacondotti.

Tale operazione era stata organizzata con la collaborazione di alcune ambasciate di altre nazioni e una generale e iniziale tolleranza del governo ungherese. Quando nel novembre 1944 Sanz Briz decise di lasciare Budapest e l'Ungheria per non riconoscere il governo filonazista ungherese, Perlasca decise di restare e spacciarsi per il sostituto del console partente, all'insaputa dello stesso e della Spagna, redigendo di suo pugno la nomina a diplomatico, con timbri e carta intestata.

Da quel momento Perlasca si trovò a gestire il "traffico" e la sopravvivenza di migliaia di ebrei, nascosti nell'ambasciata e nelle case protette sparse per la città, come similmente cercavano di fare il diplomatico svedese Raoul Wallenberg e il nunzio apostolico Angelo Rotta. Tra il 1º dicembre 1944 e il 16 gennaio 1945, Perlasca rilasciò migliaia di finti salvacondotti che conferivano la cittadinanza spagnola agli ebrei, arrivando a strappare letteralmente dalle mani delle Croci Frecciate i deportati sui binari delle stazioni ferroviarie.