El proceso ocurre en varias etapas: primero la glucólisis, que rompe la glucosa en piruvato; después el ciclo de Krebs, que libera electrones y genera CO₂; y finalmente la cadena de transporte de electrones en la mitocondria, donde se produce la mayor cantidad de ATP y se forma agua como subproducto.

Este mecanismo les permite crecer, reparar estructuras celulares, formar micelio extenso bajo el suelo y producir cuerpos fructíferos como setas. La respiración aerobia también explica por qué los hongos requieren ambientes con oxígeno disponible para desarrollarse plenamente, aunque algunos pueden alternar con fermentación cuando el oxígeno escasea.