• Flora residente ó autóctona: que consiste en un número relativamente fijo de especies de microorganismo que se encuentran en una zona definida.

• Flora transitoria: que consiste en microorganismos no patógenos o potencialmente patógenos que colonizan la piel o las mucosas durante un periodo corto de tiempo. 

La flora transitoria tiene poca importancia mientras la flora residente permanece intacta. Sin embargo, si la flora residente se altera transitoria puede multiplicarse y producir infección.  No debe olvidarse que microorganismos pertenecientes a la flora residente normal pueden comportarse a veces como patógenos. 

La familia llamada BTV-like tienen en común un motivo proteico, parecido a un pie capaz de hacer cápsides mediante 12 homodímeros pentaméricos. Infectan desde fagos y levaduras hasta células animales como los rotavirus que causan las diarreas en neonatos y niños. 

La familia tipo fago HK97 cuyo motivo proteico, es capaz de formar hexámeros y pentámeros para configurar una cápside con tres hexámeros por cara, son en su mayor parte virus bacteriófagos pero también pertenece a este grupo el herpes virus que infecta a humanos y otros que infectan a arqueas.

La familia tipo Picorna donde el motivo proteico es llamado de barril simple y se dispone formando una cápside con pentámeros, agrupados como capsómeros de cinco y seis de ellos. Esta es la familia más variada, con múltiples muestras en todos los reinos, virus del tomate, papilomavirus, parvovirus, y otros muchos. El genoma es ARN de cadena sencilla positiva.

La familia tipo PRD1 con un motivo proteico común llamado de barril doble que se agrupan como trímeros para formar la cápside, un ejemplo de estos últimos es el adenovirus que causa los millones de resfriados. El genoma es de ADN bicatenario y también cuenta con bacteriófagos, poxvirus como la desaparecida viruela. 

-Alimentos contaminantes con patógenos tanto en la superficie como en su interior.
-El aire puede contener microorganismos, como bacterias, hongos y virus, y algunos de ellos pueden ser patógenos. Este es un medio de dispersión de muchas formas de vida diminutas y, por ello, también es un vehículo de transmisión de enfermedades.
-Cuando un vector biológico infectado pica o muerde a una persona, esta puede desarrollar la infección.

Pueden ejercer de vector biológico animales como:

Estos vectores también pueden generar contagio a través de sus restos fecales.
-La transmisión directa por contacto puede producirse por diferentes mecanismos.

El riesgo de infección es más elevado para: lactantes, personas de edad avanzada, personas con un sistema inmunitario debilitado

Las infecciones nosocomiales pueden estar causadas por bacterias o por hongos. Las infecciones bacterianas y fúngicas pueden ser peligrosas e incluso mortales.

Los microorganismos que se adquieren en los hospitales suelen ser resistentes a muchos antibióticos habituales. El uso frecuente de antibióticos en los hospitales potencia el desarrollo de cepas resistentes.

Las infecciones nosocomiales pueden aparecer en forma de neumonía, infección de las vías urinarias, infección de las incisiones quirúrgicas e infecciones de la sangre.

Las barreras naturales son la piel, las membranas mucosas, las lágrimas, la cera de los oídos, el moco y el ácido del estómago. Además, el flujo normal de orina elimina los microorganismos que ascienden por el tracto urinario.

El sistema inmunitario utiliza los glóbulos blancos (leucocitos) y los anticuerpos para identificar y eliminar los microorganismos que han atravesado las barreras naturales.
Por lo general, la piel evita la invasión de microorganismos a menos que esté físicamente dañada, (por ejemplo, debido a un traumatismo, una picadura de insecto o una quemadura).

Las membranas mucosas, tales como el revestimiento de la boca, la nariz y los párpados, también son barreras eficaces. Generalmente, estas membranas están cubiertas de secreciones que combaten a los microorganismos. Por ejemplo, las membranas mucosas de los ojos están bañadas en lágrimas, que contienen una enzima llamada lisozima que ataca a las bacterias y que actúa como protección de los ojos contra las infecciones. 

La inmunidad inespecífica, es un sistema de defensas con el cual usted nació y que lo protege contra todos los antígenos. Consiste en barreras que impiden que los materiales dañinos ingresen en el cuerpo. Estas barreras forman la primera línea de defensa en la respuesta inmunitaria.

Debido a que esta forma de inmunidad surge como respuesta a la infección y se adapta a ella, se denomina inmunidad específica 

La respuesta inmunitaria específica está mediada por células llamadas linfocitos y sus productos. Los linfocitos expresan receptores muy diversos capaces de reconocer un enorme número de antígenos. Hay dos poblaciones principales de linfocitos, llamados linfocitos B y linfocitos T, que median diferentes tipos de respuestas inmunitarias adaptativas. 

Los anticuerpos se pueden producir cuando el sistema inmunitario erróneamente considera el tejido sano como una sustancia dañina. Esto se denomina un trastorno autoinmunitario.

Cada tipo de anticuerpo es único y defiende al organismo de un tipo específico de antígeno.

Antígeno: es cualquier sustancia que provoca que el sistema inmunitario produzca anticuerpos contra sí mismo. Esto significa que su sistema inmunitario no reconoce la sustancia, y está tratando de combatirla.

Un antígeno puede ser una sustancia extraña proveniente del ambiente, como químicos, bacterias, virus o polen. También se puede formar dentro del cuerpo.

El intestino posee mecanismos de defensa que limitan el acceso de sustancias nocivas al organismo. Esta barrera intestinal está integrada por diversos elementos como enzimas digestivas pancreáticas, el epitelio intestinal y las bacterias que constituyen la flora intestinal. Sin embargo, la barrera más efectiva está constituida por el tejido linfoide asociado al intestino o GALT. 

Tipos de hipersensibilidad 

Influyen en la capacidad del sistema inmunitario para defender al organismo de la invasión o del ataque de células extrañas o anómalas (como bacterias, virus, hongos y células cancerosas). La consecuencia puede ser la aparición de infecciones bacterianas, víricas o fúngicas poco habituales, o el desarrollo de linfomas u otros tipos de cáncer.

El nombre o tipo de enfermedad autoinmune dependerá del órgano o sistema afectado. Cuando la pérdida de la tolerancia inmunológica genera un daño puntual, los autoanticuerpos o las células autoinmunes destruyen sólo un tipo celular. Esto sería lo que ocurre en las células beta del páncreas, en pacientes con diabetes mellitus tipo 1. 
Existe un componente hereditario (ciertas combinaciones genéticas) y factores ambientales que son desencadenantes para activar finalmente el sistema inmunitario. 

Incluyen: infecciones, fármacos, vacunas o inmunizaciones, alimentación, deficiencias nutricionales, toxinas como el tabaco o agentes químicos, entre otros.