Morgan reunió a unos 1,200 hombres y decidió atacar Panamá por tierra, ya que la ciudad estaba bien defendida por mar. Desembarcaron en la costa caribeña y caminaron a través de la selva hasta llegar a la ciudad.

El 28 de enero de 1671, Morgan y sus hombres atacaron Panamá. La batalla fue intensa, pero los españoles no estaban bien preparados y fueron derrotados. Los piratas saquearon la ciudad, llevándose una gran cantidad de riquezas y destruyendo muchos edificios.

Aunque Morgan fue brevemente arrestado por las autoridades inglesas debido a un tratado de paz reciente con España, pronto fue liberado y más tarde recibió el título de caballero. El ataque de Morgan a Panamá es uno de los eventos más famosos de la piratería en el Caribe.