​Tierras Altas: El Eje Central

​Las tierras altas son el rasgo dominante y están compuestas principalmente por rocas de origen volcánico.

​Cordillera Central (Serranía de Tarazará ): Este es el sistema montañoso más importante. Nace en la frontera con Costa Rica como la Cordillera de Talamanca y se extiende hacia el este, disminuyendo progresivamente en altitud.

​Macizo del Volcán Barú: Ubicado en la provincia de Chiriquí, es la sección más elevada. El Volcán Barú, con 3,475 metros, es un estratovolcán activo y el punto más alto del país. Su cono volcánico y los valles circundantes (como Boquete y Volcán) han creado suelos de ceniza volcánica extremadamente fértiles, ideales para el cultivo de café de alta calidad.

​Otras Cumbres: En esta cordillera también se encuentran otras cimas importantes como el Cerro Fábrega (3,335 m), el Cerro Itamut (3,279 m) y el Cerro Echandi (3,162 m).

​Arco Oriental: Hacia el este, la cordillera se fragmenta en cadenas montañosas más bajas pero de terreno muy abrupto y selvático.

​Serranía de San Blas: Recorre la costa caribeña de la comarca Guna Yala.

​Serranía del Darién: Se levanta en la frontera con Colombia, funcionando como una barrera natural. Sus picos principales son el Cerro Tacarcuna (1,875 m) y el Cerro Piña (1,581 m).

​Macizos del Sur: Son sistemas montañosos aislados en la Península de Azuero, como el Macizo del Canajagua y el Macizo del Montuoso. Son elevaciones más antiguas y erosionadas.

​Tierras Bajas: Llanuras y Depresiones

​Estas áreas son de origen sedimentario, formadas por la acumulación de materiales erosionados de las montañas.

​Llanuras del Pacífico: Son las más extensas y fértiles, especialmente las Llanuras de Chiriquí y los Llanos de Coclé y Herrera. Estas sabanas son el corazón de la producción agrícola y ganadera del país.

​Llanuras del Caribe: Son mucho más angostas y se caracterizan por una densa vegetación de bosque tropical húmedo. Las más importantes se encuentran en Bocas del Toro y Colón.

​Depresión Oriental del Darién: Es la cuenca aluvial de los ríos Tuira y Chucunaque, la llanura más grande del país. Es una vasta área de selva inundable y humedales de gran importancia ecológica.

​Vertiente del Caribe

​Los ríos de esta vertiente son cortos, rápidos y de gran caudal durante todo el año, ya que descienden abruptamente desde las montañas cercanas a la costa.

​Río Chagres: Es el río más importante de Panamá por su valor económico y estratégico. Su cuenca es la columna vertebral del Canal de Panamá, alimentando los lagos artificiales Gatún y Alajuela. Estos lagos no solo proveen los millones de litros de agua dulce necesarios para el tránsito de cada barco, sino que también suministran agua potable a las ciudades de Panamá, Colón y La Chorrera.

​Río Sixaola: Marca una porción de la frontera con Costa Rica.

​Río Changuinola y Teribe: Ubicados en Bocas del Toro, son fundamentales para la generación de energía hidroeléctrica en la región.

​Vertiente del Pacífico

​Los ríos son mucho más largos, lentos y con un curso sinuoso. Atraviesan las extensas llanuras y muchos son navegables en sus tramos inferiores. Su caudal varía drásticamente entre la estación seca y la lluviosa.

​Río Tuira y Chucunaque: Forman la cuenca hidrográfica más grande del país (13,400 km²). El Tuira es el río más largo y caudaloso, sirviendo como la principal vía de transporte en la remota provincia de Darién.

​Río Bayano (o Chepo): Es el segundo más largo. En su curso se construyó la represa de Bayano, que formó el Lago Bayano, el embalse más grande del país en superficie (350 km²).

​Río Santa María: Es vital para la agricultura de la zona de Azuero, una de las regiones más secas del país.

​La principal variable climática es la precipitación, definida por dos estaciones:

​Estación Lluviosa (Invierno): Se extiende de mayo a diciembre. Está dominada por la influencia de la Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT), que provoca intensas lluvias.

​Estación Seca (Verano): Va de enero a abril, cuando la ZCIT se desplaza hacia el sur.

​Existe un contraste marcado entre las dos vertientes. La costa del Caribe recibe lluvias casi todo el año (más de 3,000 mm) y no tiene una estación seca definida. La costa del Pacífico tiene una estación seca pronunciada, especialmente en el "Arco Seco" de la península de Azuero.

​Costa Pacífica (1,700 km): Es muy irregular, con profundos golfos (Golfo de Panamá, Golfo de Chiriquí), extensas llanuras de marea y manglares. Es famosa por sus mareas de gran amplitud, que en el Golfo de Panamá pueden superar los 7 metros. Alberga importantes archipiélagos como el de las Perlas y el Parque Nacional Coiba.

​Costa Caribeña (1,288 km): Es más regular y se caracteriza por sus arrecifes de coral y aguas claras. Aquí se encuentran los archipiélagos de Guna Yala (San Blas), con sus más de 365 islas de arena blanca, y el de Bocas del Toro, un importante destino turístico y de biodiversidad.