Alla sontuosa e solenne cerimonia di incoronazione, che ebbe luogo il 23 gennaio del 1295 in San Pietro a Roma, erano presenti tutti i nobili romani e re Carlo II con suo figlio Carlo Martello.

Su quest'elezione, in ogni modo, aleggiava l'ombra del sospetto che Celestino V fosse stato costretto ad emettere la bolla della propria abdicazione. Come noto, Celestino V, fu imprigionato nella rocca di Fumone, nei pressi di Ferentino, poiché si ritenne che sarebbe stato meglio che egli non circolasse liberamente. L'ordine di cattura fu eseguito da Guglielmo l'Estandard. Morì il 19 maggio 1296.

A dire il vero i siciliani non avevano l'intenzione di rinunciare alla loro autonomia e, in seguito, riconobbero come loro unico signore Federico (già governatore di Sicilia da quando suo fratello Giacomo II era re di Aragona) e lo elessero re nel 1296 nel duomo di Palermo. Da questo momento la Sicilia sarebbe diventata un avamposto per l'espansione spagnola nel Mediterraneo. Questo fu un grande smacco per Bonifacio VIII ma non fu l'unica sconfitta che la sua politica anacronistica e accentratrice avrebbe subito, convinto com'era della "plenitudo potestatis" della sua sovranità, che poteva spaziare anche nell'ambito temporale, proprio per la concezione tipicamente medievale della sua origine divina. Questi suoi principi furono esternati nella bolla Clericis laicos, emessa nel 1296, con la quale egli minacciava di scomunicare i laici che avessero imposto tasse agli ecclesiastici, senza il consenso della Chiesa di Roma, diffidando gli stessi ecclesiastici a versare tali oboli.

 

Il 10 maggio 1297 i Colonna e gli Spirituali, con il "manifesto di Lunghezza", dichiararono nulla l'elezione papale. La reazione di Bonifacio VIII fu aspra e violenta: i due cardinali furono destituiti e in una bolla definiti "dannata stirpe e del loro dannato sangue". Il papa ordinò la confisca dei loro beni, li scomunicò, espellendoli dallo Stato della Chiesa e li umiliò pubblicamente; le rocche di Zagarolo e di Palestrina furono distrutte; Jacopone imprigionato in un convento e scomunicato; i beni dei Colonna furono divisi fra i Caetani e gli Orsini.

Quest'evento fu di portata storica: duecentomila pellegrini affluiti, secondo le stime dei cronisti dell'epoca. Lo stesso Dante fa riferimento a notevole afflusso di massa sia per la Veronica, sia per il Giubileo.

L'enorme traffico di pellegrini e gli abbondanti proventi finanziari, derivanti dalle offerte e dall'incremento turistico, rafforzarono il prestigio di Bonifacio VIII, che vedeva i principi di tutto il mondo prostrarsi ai suoi piedi come davanti a un essere divino.

Egli stesso rinforzò questa sua immagine di sovrano spirituale e temporale, mostrandosi ai pellegrini con le insegne imperiali, esclamando: "Io sono Cesare, io sono l'Imperatore".

Anche Filippo il Bello aderiva a questa idea di "cesarismo": sopra di sé egli non considerava sovrano nessuno, assumendo talora atteggiamenti apertamente anticlericali, con atti di usurpazione verso i beni della Chiesa francese. Nel 1299 aveva firmato un'alleanza con il nuovo re di Germania, Alberto d'Asburgo, accusato da Bonifacio VIII di aver assassinato Adolfo di Nassau e, per questo, invitato a presentarsi a Roma. Il papa, con la bolla Salvator Mundi, del 1301, ritirò a Filippo i privilegi concessi in precedenza mentre successivamente, con la bolla Ausculta fili, convocò per il 10 novembre il re e l'episcopato francese per un concilio che definisse i rapporti tra Stato e Chiesa, precisando che solo Dio era al di sopra di ogni monarca.

Contro di lui, il 18 novembre 1302, Bonifacio scaglia la bolla di condanna Unam Sanctam che stabiliva che "nella potestà della Chiesa sono distinte due spade, quella spirituale e quella temporale; la prima viene condotta dalla Chiesa, la seconda per la Chiesa, la prima per mano del sacerdote, l'altra per mano del re ma dietro indicazione del sacerdote. Il potere spirituale é superiore a quello temporale". Filippo, sentendo odore di scomunica, inviò in Italia Guglielmo di Nogaret con l'ordine di condurre il papa prigioniero in Francia. E' il 3 settembre 1303, Nogaret, affiancato da Sciarra Colonna, lo trova ad Anagni, maestosamente seduto sul trono, coi paramenti sacri: qui avviene un'aggressione nei suoi confronti, si tramanda uno "schiaffo" del francese col guanto di ferro. E' un momento di eccezionale portata storica, in quanto ne prima ne dopo nella storia della cristianità, vi fu una affronto così grande nei confronti di un pontefice.