*Hidrólisis ácida: En este tipo de hidrólisis, se eliminan todas las bases púricas sin causarle daño a las uniones de fosfodiéster que forman parte del esqueleto nucleótido, es decir, se tienen como objetos finales ácidos nucleicos sin sus respectivas bases púricas (hidrólisis de diferentes uniones N-glicosídicas por parte de las pentosas y sus bases púricas) La desoxipentosa sufre deshidratación provocado por la acidez, por lo que se genera aldehídos S-hidroxi-levulínicos.

*Hidrólisis enzimática: El electrófilo de fosfato se activa para ataque a través de interacciones no covalentes en el sitio activo. Las enzimas que hidrolizan los enlaces fosfato diéster en el ADN se denominan nucleasas.

*Hidrólisis alcalina: Empleando una base potente, se rompen los enlaces N-glicosídicos que mantienen unidas las bases nitrogenadas y el azúcar, liberando nucleósidos que posteriormente se separan mediante cromatografía.

-Las fosfodiesterasas o nucleasas son enzimas hidrolasas que catalizan la ruptura de los enlaces fosfodiéster, como por ejemplo los que se establecen en los ácidos nucleicos entre la pentosa de un nucleótido y el grupo fosfato de otro. Su acción regula la concentración dentro de las células del AMP cíclico y del GMP cíclico.

- ⁠Esterasas: Enzimas que catalizan la ruptura de un enlace éster y dan como resultado la adición de agua a las moléculas resultantes.

- ⁠Glucosidasas: Enzima que cataliza la hidrólisis del enlace N-glicosídico entre el esqueleto de azúcares y fosfatos y el residuo uracilo durante la síntesis de ADN.

- ⁠Peptidasas: También llamadas proteasas, son enzimas que catalizan la hidrólisis de los enlaces peptídicos que unen los aminoácidos en las proteínas. Este proceso de hidrólisis implica la participación de una molécula de agua, que actúa como nucleófilo y ataca al grupo carbonilo del enlace peptídico. Como resultado, se produce la ruptura del enlace y la liberación de dos nuevos aminoácidos o de un péptido más corto.

- ⁠Helicasas: Catalizan la reversión del dúplex de ADN durante la replicación mediante la unión cooperativa para las regiones de cadena simple de ADN o para las regiones cortas de ADN dúplex que están experimentando apertura transitoria. Además, las helicasas ADN son ATPasas dependientes de ADN que aprovechan la energía libre de la hidrólisis de ATP para trasladar los filamentos de ADN.