A amoreira-preta trata-se de uma árvore de folha caduca e casca rugosa, que pode ascender a alturas que rondam os 12 e os 15 metros.

Tem folhas alternas, que quanto à forma podem ser ovadas a cordiformes acuminadas, exibindo margens duplamente dentadas. No que toca à coloração, mostram-se verde-prásinas na página superior e de coloração mais clara na página inferior, no Outono amarelecem. Quanto à textura, são ásperas na página superior, ao passo que na inferior já são mais pubescentes e sedosas.

A copa desta árvore pauta-se pela sua grande densa e ramificação, podendo orçar diâmetros com amplexos de dez metros. Ao passo que os ramos mais jovens exibem uma casca lisa, à medida que a planta vai envelhecendo, tanto os ramos como o próprio tronco vão adquirindo uma casca rugosa e fendida.

As inflorescências são cilíndricas, com amentilhos masculinos de maiores dimensões do que os femininos. É uma espécie monoica, pelo que cada espécime conta com órgãos sexuais dos 2 sexos. A floração dá-se entre Março e Maio.

Podem-se referir, por exemplo, o gato-bravo Felis silvestris, a gineta Genetta genetta, a raposa Vulpes vulpes, a doninha Mustela nivalis, o texugo Meles meles, a cobra-de-pernas-tridáctila Chalcides striatus, a víbora-cornuda Vipera latastei, as cobras-de-água, várias espécies de salamandras e tritões (Triturus spp.).

Árvores, arbustos e ervas, que crescem espontaneamente no Parque, são, em si mesmo, um alvo de conservação. Até hoje conhecem-se cerca de 600 espécies vegetais o que significa que, numa área de cerca de 39 mil ha, é possível observar cerca de um quinto das espécies de plantas que ocorrem no país. Algumas só existem em Portugal, outras na Península Ibérica ou então na Península e norte de África e, outras ainda, possuem uma área de distribuição ou um estatuto de raridade, que lhes conferem uma situação especial em termos de conservação da natureza.

Para além da importância que a função das plantas desempenham nos ecossistemas e do seu potencial valor económico e científico, muitas plantas do Parque Natural têm qualidades medicinais, aromáticas, condimentares, ornamentais, forrageiras (i.e. para alimentação do gado) ou florestais.

A oliveira, a recordar o esforço dos cistercienses, domina a vegetação não espontânea.

Podem-se referir, por exemplo, o gato-bravo Felis silvestris, a gineta Genetta genetta, a raposa Vulpes vulpes, a doninha Mustela nivalis, o texugo Meles meles, a cobra-de-pernas-tridáctila Chalcides striatus, a víbora-cornuda Vipera latastei, as cobras-de-água, várias espécies de salamandras e tritões (Triturus spp.).

As aves são o grupo com maior número de representantes neste Parque, sendo conhecidas mais de 100 espécies que aqui nidificam. Algumas são mesmo importantes no contexto nacional, como o bufo-real Bubo bubo ou a gralha-de-bico-vermelho Pyrrhocorax pyrrhocorax.

O meio subterrâneo tem, neste Parque Natural, grande significado. Nas suas numerosas grutas abrigam-se uma infinidade de seres vivos, de que se destacam cerca de dez espécies de morcegos cavernícolas, daí que um morcego estilizado figure no logótipo do Parque.