Su construccion inicio en 1463, el convento fue completado en 1469, y la iglesia en 1482. Pocos años después fue modificada por encargo de Ludovico Sforza (Ludovico el Moro), al termino de esta modificación ya cuenta con grandes ábsides semicirculares, una cúpula rodeada de columnas, un claustro y el refectorio. Desde el exterior se aprecia la fachada en ladrillo de Solari, a la cual le añadió Bramante una puerta avanzada y sostenida por columnas de orden corintio.

Los vestigios del arte gótico están en los arcos apuntados y las bóvedas de crucería, en cambio, la cabecera o ábside se nos muestra desnuda y mucho más luminosa teniendo características del renacimiento.

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La iglesia presenta a ambos lados siete capillas cuadradas, realizadas por Solari c

on la excepción de la última de la izquierda, dedicada a la Virgen delle Grazie.

Después de la construcción del edificio, las más importantes familias milanesas solicitaron el patrocinio de las capillas para poder usarlas como lugar de sepultura para los miembros de las mismas y encargaron la decoración a importantes artistas de la época: la Capilla de Santa Catalina custodia esculturas de Antonello da Messina y las Capillas de la Vergine Adorante y de Santa Corona aparecen decoradas con frescos de Gaudenzio Ferrari. Al pórtico se asoman la antigua Capilla delle Grazie, la Sala Capitular, el Locutorio y la biblioteca, obra de Solari. En el lado sur está el refectorio, donde se encuentra la Crucifixión, una de las obras de mayor envergadura del pintor milanés Donato Montorfano, y la célebre Última Cena de Da Vinci.

Tiene como dimensiones 4.6 metros de altura y 8.8 metros de largo. Este mural continúa en el refectorio de la iglesia Santa Maria delle Grazie y el convento. Está basado en una historia narrada por el apóstol San Juan recogida en la Biblia, sobre la última cena de Jesús con sus apóstoles antes de que lo apresaron.
“Uno de los desafíos que tuvo en esta obra, y que Leonardo Da Vinci, logró superar con creces fue representar las emociones que debieron tener los apóstoles al saber que sucedería, en el futuro inmediato. Es por esto que este mural está catalogado de Obra maestra. Por todo lo escrito en este artículo te invito, a que si llegas a ir a Milán, no puedes dejar de visitar a esta bella iglesia, y en especial el hermoso mural del maestro Leonardo Da Vinci, entre una serie de obras de artes que posee este sitio.”

La técnica adoptada por Leonardo Da Vinci para realizar esta pintura encargada por Ludovico Sforza,  no es la del fresco tradicional sino la de un mural al temple sobre yeso, lo que le permitió mayor libertad de ejecución y desahogo creativo, una técnica que, sin embargo, no ha soportado los cambios climáticos de temperatura y humedad, creando notables problemas.