_ Những loại vi sinh vật được sử dụng trong công nghệ hiện nay là: 
+ Vi khuẩn Haloferax Mediterranei

+ Vi khuẩn Erwinia carotovora

+ Nấm Rhizopogon luteolus

+ Nấm Stachybotrys chartarum

Vi sinh vật phân giải lân khó tan như sau: Aspergillus niger, Pseudomonas sp, Bacillus sp và một số loài sống cộng sinh trên rễ cây có khả năng hút lân để cung cấp cho cây (Micorhiza sp)

Có các loại như : Mycoinsecticides (thuốc trừ sâu từ nấm), Myconematicides (thuốc trừ tuyến trùng từ nấm), Nhóm Nấm bẫy tuyến trùng, Nhóm ký sinh trên tuyến trùng. Nhóm ký sinh trên trứng, Mycoherbicides (thuốc diệt cỏ từ nấm). Việc ứng dụng những nhóm vi sinh này giúp giảm thiểu tới 20-30% tình trạng sâu, bệnh hại trên cây trồng.

3. Ứng dụng để ủ và sản xuất các loại phân hữu cơ vi sinh:

Được sản xuất từ các phế thải hữu cơ trong nông nghiệp như: phân chuồng, rơm rạ, bã ngô, vỏ cà phê, bánh dầu, phế phụ phẩm trong thủy sản… Trộn chung với vi sinh vật. Thông thường họ sẽ chuyển những vi sinh vật chuyển hóa Cellulose, Hemicellulose, Trichoderma reesei, Penicilium sp,. Các vi sinh vật trong nhóm xạ khuẩn, nấm men, nấm sợi giúp chuyển hóa nhanh các chất khó tan thành dạng dễ hấp thu và khử mùi hôi.

4. Trong chăn nuôi, thú y:

Ứng dụng công nghệ sinh học trong vi sinh sản xuất ra nấm men, acid amin, vitamin. Khử mùi hôi chuồng trại, làm đệm lót sinh học giúp gia súc, gia cầm. Giúp tăng nhanh về trọng lượng, sức đề kháng và sức chống chịu với bệnh tật.