Finalmente atingem o intestino, onde as substâncias nutritivas são absorvidas pelo organismo. Os restos não aproveitados transformam-se em fezes.

As aves possuem uma bolsa única, a cloaca, onde desembocam as partes finais do sistema digestivo, urinário e reprodutor e que se abre para o exterior. Por essa bolsa eles eliminam as fezes e a urina e também põem os ovos.

Os crustáceos podem apresentar zonas mucosas e cílios aos quais aderem as partículas alimentares ou apêndices variados, antenas, maxilípedes e filopódios, que ao se movimentarem, grudam partículas que são levadas até a boca do animal.

Intestino médio (mesentero), produz e secreta enzimas digestivas, faz a digestão e absorve os nutrientes. Essa região não apresenta diferenciação, apenas uma estrutura chamada ceco gástrico, produtor de enzimas que promovem a digestão química do alimento. Possui células epiteliais com ou sem cutícula presente. Toda essa região possui uma membrana de proteção, para evitar o contato da comida com o tecido. Esse local é onde ocorre maior parte das atividades enzimáticas e da absorção. Em alguns insetos a digestão pode ser ajudada por protozoários e bactérias simbiontes intestinais.

Intestino posterior, parte final do aparelho digestivo, onde ocorre a absorção de agua, sais e a formação de fezes. Apresenta túbulos de malpighi, ileon, colon e reto. A água é retirada dos resíduos alimentares, junto com o restante dos sais, ocorrendo a formação das fezes. Os túbulos de malpighi estão relacionados com ao sistema excretor do inseto.

Os membros desta classe são predadores e saprófagos, sendo sua digestão iniciada a nível extracelular, passando em seguida para nível intracelular. As espécies menores possuem um intestino simples com formato de um saco com uma faringe simples ou bulbosa. Já as espécies maiores possuem esse órgão ramificado e uma faringe plicada, geralmente tubular.

Outra classe deste filo como a Cestoda não possuem qualquer rudimento de sistema digestivo e se nutrem por absorção através da vasta superfície corporal. Já os trematodes possuem ventosas, utilizadas na fixação desses parasitas ao hospedeiro. É encontrado intestino e, em certas espécies, a boca anterior associa-se a uma segunda ventosa.

As planárias podem capturar pequenos animais vivos ou comer restos de animais mortos (saprofagia) evertendo a faringe sobre eles para despejar enzimas digestivas e depois sugar o material semi-digerido para dentro da cavidade gastrovascular. Dentro desta, o alimento vai entrando pelas ramificações, onde continua sendo digerido até estar dividido em partes pequenas o suficiente para serem fagocitadas pelas células da parede da cavidade gastrovascular. Nestas, o alimento é decomposto em nutrientes simples, que vão para as células vizinhas por difusão. A ramificação intensa dessa cavidade permite que todas as células do corpo estejam perto da fonte de alimento. Assim, todos os tecidos conseguem receber sua cota de nutrientes com bastante rapidez sem que haja a necessidade de um sistema circulatório.

Como o sistema circulatório está ausente nos platelmintos, são as ramificações do sistema digestivo que auxiliam na distribuição do alimento pelo organismo desses animais.

Alguns vermes chatos, como a tênia (Classe Cestoda), são tão adaptados à vida parasitária que perderam o sistema digestório, absorvendo através da pele os alimentos já digeridos pelo hospedeiro.