Peer review of DNA Dendron etc by Raphael Levy

Schéma de l'abstract incomplet

2025-09-17 13:33:56 UTC

Le schéma de l'abstract manque d'informations et de légendes.

Par exemple, la membrane plasmique et l'ADN (porté par le dendron) étant chargés négativement, comment le dendron pourrait faciliter le passage de la protéine à travers la membrane plasmique ?

D'après l'introduction, les récepteurs scavengers permettrait l'internalisation de la protéine, mais ils ne sont pas schématisés.

Temps d'acceptation de l'article ultra-court

2025-09-17 13:36:22 UTC

L'article a été reçu le 15 novembre 2024, et a été accepté le 13 décembre de la même année, soit moins d'1 mois après. Ce temps est extrêmement court.

The article presents a new method for intracellular protein delivery using DNA dendron tags. The study is well-structured, timely, and addresses a critical challenge in biomedicine. Its novelty lies in showing that localized DNA clusters provide more efficient cellular uptake than conventional proSNAs, highlighting strong potential for therapeutic applications.

2025-09-17 13:36:22 UTC

The abstract clearly identifies the problem (poor protein penetration), the approach (DNA dendrons), the results (up to 17-fold increase in uptake), and the significance (a generalizable method without mutagenesis). It is concise and engaging. However, the contextualization remains somewhat narrow. I would suggest that the authors emphasize more strongly the potential clinical impact (therapeutics and diagnostics), rather than focusing only on nanobiotechnology.

2025-09-17 13:39:30 UTC

panel 2.E

2025-09-17 13:47:58 UTC

Si la membrane plasmique n’est pas marquée alors on ne peut affirmer une internalisation de la protéine et de l’ADN. Et aussi la localisation de la construction n’est pas assez claire.

The introduction is well structured and provides a logical progression: proteins are therapeutics but suffer from poor intracellular penetration. Prior approaches such as cell-penetrating peptides and spherical nucleic acids (proSNAs) are reviewed, with citations to foundational studies. The gap is : many proteins lack enough reactive groups for dense DNA conjugation, and surface modification can compromise function.

2025-09-17 13:57:04 UTC

2025-09-17 14:06:22 UTC

Les résultats de la figure 2 montre que la protéine a bien été internalisé mais sans démontrer le mécanisme derrière cette internalisation.

2025-09-17 14:12:38 UTC

Sur le panel E de la figure 2, la différence de fluorescence est à peine visible entre les deux conditions testés (mNG et mNG-6BD) sur les images mais sur le panel F, la différence est beaucoup plus importante avec une P value de <0.0001.

Résultats

2025-09-17 14:14:25 UTC

Les protéines proSNAs mNG synthétisées ont une répartition portant soit cinq, soit six brins d’ADN en raison de la difficulté à les séparer. Cette variation peut être un biais qui peut augmenter la taille de la barre d’erreur .

L’absorption cellulaire est considérée uniquement avec la fluorescence mais pas de valeur absolue. Or la fluorescence n’est pas proportionnelle au nombre de molécules internalisées.

La localisation intracellulaire n’est pas précisée, les protéines peuvent être pris en charge par les lysosomes et exocytées avant même d’exercer leurs fonctions. Il n’y a pas de marquage de la membrane plasmique qui permettrait de mieux visualiser l’internalisation des protéines dans les cellules.

2025-09-17 14:17:25 UTC

L’étude à seulement été réalisée in vitro et non pas in vivo donc ça limite l’étude et les effets dans un organisme entier

Fig.2 Panel E

2025-09-17 14:18:26 UTC

La cyanine 5 reflétant la présence d'ADN (et donc des ADNs "apportés" par le dendron), comment cela se fait-il qu'on observe un signal non négligeable de Cy5 dans le cytoplasme de la cellule dans la condition où on n'observe que la protéine fluorescente (mNG) ? Puisque dans cette condition, la protéine n'est pas censée lier de l'ADN, pourquoi a-t-on un fort signal de Cy5 traduisant la présence d'ADN dans le cytoplasme ? Cela n'est pas clair, ni cohérent, à moins qu'il qu'il s'agisse de la condition où la protéine est "mixée" au dendron avec les ADNs, mais pas liée à ce dernier (condition mNG + 6BD mix) ; or cela n'est pas mentionné dans la figure.

Il aurait était préférable de marquer le dendron par un fluorochrome différent de la Cy5 pour confirmer son rôle dans l'internalisation de la protéine.

2025-09-17 14:20:15 UTC

Ils auraient pu utilisé des cellules qui expriment moins les scavenger recepteur ou également synthétiser des cellules qui expriment les recepteurs scavengers mutés pour confirmer les resultats obtenus.

Les résultats de cytométrie en flux auraient pu etre présentés sous format dot plot afin d'avoir des informations plus détaillées.

2025-09-17 14:20:42 UTC

Les résultats de la figure 2 sont en adéquation avec le contexte et la problématique de l’article et utilisent un autre modèle de comparaison pour les mettre en évidence. Les résultats de la figure 2 mettent en évidence l’intérêt de ce nouveau modèle.
Pour justifier l’internalisation de la construction par immunofluorescence, il aurait été intéressant d’utiliser un marqueur membranaire afin de valider visuellement ce qui a été observé par cytométrie en flux. Cela permettrait de vraiment savoir si la construction est internalisée et intracellulaire.

2025-09-17 14:26:37 UTC

Figure 3 :
Il serait aussi intéressant de prolonger la cinétique afin d’être plus précis dans l’analyse, dans le cas où l’internalisation atteint un plateau ou si la quantité du complexe internalisé continue à augmenter au cours du temps, et si oui, pendant combien de temps. Il serait également pertinent de déterminer si la protéine est excrétée plus tard, ce qui ferait perdre l’effet observé. Cela permettrait de mieux connaître les limites de ce modèle dans le temps.

2025-09-17 14:26:55 UTC

Concernant le schéma qui apparait dans l'abstract, l'auteur aurait pu mettre un titre

Results - Figure 2

2025-09-17 14:28:21 UTC

In the figure 2. The E representative images for mNG and mNG-6BD at 1 hour.

They didn’t use a marker of the plasma membrane to show us the difference between mNG and mNG-6BD during the internalisation of protein. You can see the difference of intensity fluorescence. This fluorescence don’t show us that they are more mNG-6BD than mNG-6BD. There is not a quantification of the concentration. We can still see fluorescence on the screen for mNG with the Cy5 marker. On C image, they show us a graphic where we see the difference of pourcentage and a major difference between the pourcentage of mNG and mNG-6BD.

2025-09-17 14:29:56 UTC

l serait intéressant de comparer cette nouvelle technique avec des techniques classiques utilisées en laboratoire, comme les liposomes, afin de justifier sa pertinence par rapport à des techniques courantes ou d’expliquer pourquoi ce modèle est plus adapté (taux de transport plus élevé, coût, taille de la molécule transportée, etc.).

Fig.2 panel E

2025-09-17 14:34:42 UTC

Il aurait été pertinent et plus complet de marquer la membrane plasmique des cellules, pour bien mettre en évidence et confirmer l'internalisation de la protéine.

2025-09-17 14:36:45 UTC

Après endocytose, le matériel internalisé se retrouve dans des endosomes, des compartiments membranaires intracellulaires. Cependant, le simple fait d’être encapsulé dans ces endosomes ne garantit pas sa libération dans le cytosol, ni le maintien de son activité biologique.

2025-09-17 14:45:16 UTC

Dans la figure on montre que l'internalisation, cela montre que la protéine est entrée dans la cellule mais pas si elle est toujours fonctionnelle