El Virrey Vértiz ordena formar un cuerpo denominado “BLANDENGUES”(porque blandían lanzas) creados con nativos de a caballo, conocedores de la zona y del indio.

Alrededor de sus fortines crearon poblaciones posibilitando la colonización y el progreso de grandes zonas del país. Este cuerpo actúa hasta la Revolución de Mayo. Sus integrantes forman parte de la expedición al Paraguay, comandada por el Grl Manuel Belgrano y de la expedición al Norte del país al mando de Rondeau.

En 1805 fue enviado con su regimiento a Buenos Aires, ya que el Virrey del Río de la Plata, Rafael de Sobremonte, temía un ataque inglés.

Durante la primera de las Invasiones Inglesas al Virreinato del Río de la Plata, en 1806, Güemes participó en la Reconquista de Buenos Aires, donde protagonizó una curiosa hazaña: al ver que el barco inglés Justine había encallado por una bajante repentina del río, dirigió una carga de caballería y lo abordó. Fue una de las muy pocas veces en que un buque de guerra fue capturado por una partida de caballería.

Al año siguiente, luchó también en la Defensa de la ciudad frente a la segunda invasión inglesa, en 1807. Después del rechazo, Güemes cayó enfermo y en noviembre murió su padre. Ambas circunstancias hicieron que pidiera licencia el 10 de marzo de 1808 para trasladarse a Salta. Acostumbrado al clima de su ciudad natal, el otoño de Buenos Aires afectaba su aparato respiratorio. La licencia le fue concedida en forma ilimitada.

El 5 de diciembre de 1808 figuró en Salta como cadete del Regimiento de Infantería y teniente del Cuerpo de Granaderos de Liniers, creado durante las Invasiones Inglesas.

En febrero de 1812 cuando Belgrano asumió el mando del Ejército del Norte e inició la Segunda expedición auxiliadora al Alto Perú ordenó el traslado de Güemes a Buenos Aires, por indisciplina, causada por una discusión sobre mujeres entre oficiales bajo su mando.
El 15 de julio de 1815, Güemes contrajo matrimonio en la Catedral de Salta con Carmen Puch, miembro de una acaudalada familia con intereses en Rosario de la Frontera. Con su cónyuge tuvo tres hijos: Martín, Luis e Ignacio.
La noche del 7 de junio de 1821, Valdés ocupó la ciudad de Salta y, al salir a combatirlo, Martín Miguel de Güemes fue herido por una bala. Siguió a caballo hasta una hacienda a dos leguas de la ciudad. Pocos días después recibió a dos oficiales realistas enviados por Valdés que le ofrecieron trasladarlo a Buenos Aires, donde recibiría el mejor tratamiento, con la condición de ordenar el alto el fuego contra los realistas. Sin responder a los enviados y en su presencia, Güemes reunió a sus oficiales y les pidió que jurasen que nunca aceptarían ningún tipo de trato para beneficiar al enemigo en suelo patrio; pedido que fue respondido con el entusiasta juramento de los oficiales y gauchos salteños.

Güemes murió el 17 de junio de 1821, a los 36 años de edad. En el momento de su muerte, en la Cañada de la Horqueta, cerca de la ciudad de Salta,  a la intemperie, en un catre improvisado por el capitán de gauchos Mateo Ríos. Luego su cadáver fue inhumado en la Capilla del Chamical. Martín Miguel de Güemes fue el único general argentino caído en acción de guerra exterior.