ภาษาบาลีและสันสกฤตอยู่ในตระกูลภาษาที่มีวิภัตปัจจัย คือเป็นภาษาที่มีคำเดิมเป็นคำธาตุ เมื่อจะใช้คำใดจะต้อนำธาตุไปประกอบกับปัจจัยและวิภัตติ เพื่อเป็นเครื่องหมายบอกพจน์ ลึงค์ บุรุษ กาล มาลา วาจก โครงสร้างของภาษาประกอบด้วย ระบบเสียง หน่วยคำ และระบบโครงสร้างของประโยค ภาษาบาลีและสันสกฤตมีหน่วยเสียง  ๒ ประเภท คือ หน่วยเสียงสระและหน่วยเสียงพยัญชนะ  ดังนี้
          ๑. หน่วยเสียงสระ 

หน่วยเสียงสระภาษาบาลีมี ๘ หน่วยเสียง 

          คือ อะ อา อิ อี อุ อู เอ โอ 

หน่วยเสียงภาษาสันสกฤต มี ๑๔ หน่วยเสียง 

         คือ อะ อา อิ อี อุ อู เอ โอ ไอ เอา ฤ ฤา ฦ ฦๅ

  ๒.   หน่วยเสียงพยัญชนะ 

          ๑. หน่วยเสียงพยัญชนะภาษาบาลีมี ๓๓ 

          ๒. หน่วยเสียงภาษาสันสกฤตมี ๓๕ หน่วยเสียง เพิ่มหน่วยเสียง ศ ษ

 ซึ่งหน่วยเสียงพยัญชนะทั้งสิงภาษานี้แบ่งออกเป็น       ๒. ประเภทคือ 

           ๑.  พยัญชนะวรรค 

           ๒. พยัญชนะเศษวรรค

๑.  สังเกตจากพยัญชนะตัวสะกดและตัวตาม

- ตัวสะกด คือ พยัญชนะที่ประกอบอยู่ข้างท้ายสระประสมกับ  สระและพยัญชนต้น   เช่น    ทุกข์  =  ตัวสะกด

- ตัวตาม คือ ตัวที่ตามหลังตัวสะกด เช่น  สัตย สัจจ  ทุกข  เป็นต้น  

 - คำในภาษาบาลี   จะต้องมีสะกดและตัวตามเสมอ โดยดูจากพยัญชนะบาลี มี  ๓๓ ตัว  แบ่งออกเป็นวรรคดังนี้
        มีหลักสังเกต

ก. พยัญชนะตัวที่ ๑ , ๓ , ๕ เป็นตัวสะกดได้เท่านั้น 

    (ต้องอยู่ในวรรคเดียวกัน) 

ข. ถ้าพยัญชนะตัวที่ ๑ สะกด  ตัวที่ ๑ หรือตัวที่ ๒ เป็นตัวตามได้

     เช่น สักกะ ทุกขสัจจ   ปัจฉิม  สัตต   หัตถ  บุปผา เป็นต้น

ค. ถ้าพยัญชนะตัวที่ ๓  สะกด ตัวที่ ๓ หรือ ๔ เป็นตัวตามได้ในวรรค

    เดียวกัน  เช่น อัคคี   พยัคฆ์  วิชชา  อัชฌา  พุทธ  คพภ  (ครรภ์) 

ง. ถ้าพยัญชนะตัวที่  ๕  สะกด  ทุกตัวในวรรคเดียวกันตามได้ เช่น องค์ 

    สังข์ องค์ สงฆ์   สัมปทาน  สัมผัส  สัมพันธ์  สมภาร  เป็นต้น

จ. พยัญชนะบาลี  ตัวสะกดตัวตามจะอยู่ในวรรคเดียวกันเท่านั้นจะข้าม

    ไปวรรคอื่นไม่ได้

       วิธีสังเกตคำสันสกฤต มีดังนี้

๑. พยัญชนะสันกฤต  มี ๓๕ ตัว   คือ   พยัญชนะบาลี ๓๓ ตัว + ๒ ตัว คือ ศ, ษ
ฉะนั้นจึงสังเกตจากตัว ศ, ษ มักจะเป็นภาษาสันสกฤต เช่น กษัตริย์ ศึกษา เกษียร พฤกษ์ ศีรษะ เป็นต้น ยกเว้นคำไทยบางคำที่ใช้เขียนด้วยพยัญชนะทั้ง ๒ ตัวนี้ เช่น ศอก ศึก ศอ เศร้า ศก ดาษ กระดาษ ฝรั่งเศส ฝีดาษ ฯลฯ 

๒. ไม่มีหลักการสะกดแน่นอน ภาษาสันสกฤต ตัวสะกดตัวตามจะอยู่ข้ามวรรคกันได้ ไม่กำหนดตายตัว เช่น อัปสร เกษตร ปรัชญา อักษร เป็นต้น 

๓. สังเกตจากสระ สระในภาษาบาลี มี ๘ ตัว คือ อะ อา อิ อี อุ อู เอ โอ
 ส่วนสันสกฤต คือ สระภาษาบาลี ๘ ตัว + เพิ่มอีก ๖ ตัว คือ สระ ฤ ฤา ภ ภา ไอ เอา
 ถ้ามีสระเหล่านี้อยู่และสะกดไม่ตรงตามมาตราจะเป็นภาษาสันสกฤต เช่น ตฤณมัย ไอศวรรย์ เสาร์ ไปรษณีย์ ฤาษี คฤหาสน์ เป็นต้น 

๔. สังเกตจากพยัญชนะควบกล้ำ ภาษาสันสกฤตมักจะมีคำควบกล้ำข้างท้าย เช่น จักร อัคร บุตร สตรี ศาสตร์ อาทิตย์ จันทร์ เป็นต้น 

๕. สังเกตจากคำที่มีคำว่า “เคราะห์” มักจะเป็นภาษาสันสกฤต เช่น เคราะห์ พิเคราะห์ สังเคราะห์ อนุเคราะห์ เป็นต้น 

๖. สังเกตจากคำที่มี “ฑ” อยู่ เช่น จุฑา กรีฑา ครุฑ มณเทียร จัณฑาล เป็นต้น 

๗. สังเกตจากคำที่มี “รร” อยู่ เช่น สรรค์ ธรรม์วรรณ บรรพต ภรรยา บรรณารักษ์ มรรยาท กรรม ทรรศนะ สรรพ เป็นต้น