Bartali era cattolico, ed era molto legato all'Arcivescovo Angelo Elia Dalla Costa. Di conseguenza, dopo l'occupazione tedesca in Italia nel settembre 1943, Bartali ebbe un ruolo molto importante nel salvataggio degli ebrei da parte della Delegazione per l’assistenza agli immigrati (DELASEM).

Bartali trasportava documenti falsi nel manubrio e nella sella della sua bicicletta, e poi li consegnava alle famiglie dei perseguitati tra Firenze e Assisi. Quando veniva fermato e perquisito, chiedeva espressamente che la bicicletta non venisse toccata, giustificandosi dicendo che le diverse parti del mezzo erano state attentamente calibrate per ottenere la massima velocità.

Quando scoppia la rivoluzione mulelista, Pierantonio decide di trasferirsi nel vicino Ruanda che ha da poco ottenuto l’indipendenza. Il 5 maggio 1965 ottiene il primo permesso permanente di residenza in Ruanda e da allora fino al 1994 risiede a Kigali. Qui ha sposato Mariann, una cittadina svizzera, e ha avuto tre figli.

Imprenditore di successo, allo scoppio del genocidio ha in attività quattro imprese. Per quindici anni, dal 1988 al 2003, l’Italia gli affida la rappresentanza diplomatica. Nei tre mesi del genocidio, dal 6 aprile al 21 luglio 1994, Costa porta in salvo dapprima gli italiani e gli occidentali, poi si stabilisce in Burundi, a casa del fratello, e da lì comincia una serie incessante di viaggi attraverso il Ruanda per mettere in salvo il maggior numero di persone possibile.