Cuando las verrugas genitales no son visibles, se pueden realizar pruebas como la aplicación de solución de vinagre para detectar lesiones ocultas, el examen de Papanicolaou para identificar anomalías celulares, y la prueba de ADN para detectar tipos de VPH de alto riesgo vinculados al cáncer. Esta última se recomienda especialmente en mujeres mayores de 30 años.

Las infecciones por VPH suelen diagnosticarse mediante la observación directa de verrugas. En mujeres, se realizan pruebas de detección del cáncer de cuello uterino para identificar cambios celulares que podrían derivar en cáncer. También puede recomendarse una colposcopia para examinar más a fondo posibles células anormales.

Existen vacunas que previenen la infección por tipos de VPH relacionados con ciertos tipos de cáncer. Hasta 2020, Gardasil 9 es la única vacuna disponible en EE. UU., y protege contra los tipos 16 y 18 (principales causantes de cáncer), además de otros cinco tipos de alto riesgo (31, 33, 45, 52 y 58), responsables en conjunto del 90% de los casos de cáncer de cuello uterino.