El subsuelo de la Ciudad de México es un sistema complejo, y dependiendo de la zona, existen diferentes capas y acuíferos. Por ejemplo, en algunas zonas existe un sistema de acuíferos interconectados, que consta de por lo menos un acuífero somero, a una profundidad menor a los 100 metros, uno intermedio, que se encuentra entre 180 y 500 metros de profundidad y uno profundo, a unos 2,000 metros de profundidad.

En otras zonas, como Xochimilco, no existe la diferenciación entre el acuífero intermedio y el somero, sino que es un mismo sistema con dos secciones (una intermedia y una somera).

Cuando existe la diferenciación entre acuíferos, al sobreexplotar el acuífero intermedio se drena el acuífero somero, pues el agua de éste corre con más velocidad hacia abajo. Esto genera los hundimientos registrados en algunas zonas de la ciudad. Por ejemplo, en la Catedral Metropolitana y en el Ángel de la Independencia se pueden ver los efectos de estos hundimientos. También en Xochimilco existen zonas con cuatro metros de diferencia, lo que ha obligado a tener represas que evitan que el agua de la zona turística se vacíe para llegar a las zonas más bajas.

El crecimiento urbano, grandes obras, descarga del drenaje domiciliario a los canales, mal funcionamiento de la planta de tratamiento del Cerro de la Estrella, entre otros problemas, provocarían que Xochimilco desaparezca en un futuro.