En el Colegio Tridentino de Comayagua, realizó estudios de gramática latina, teología y filosofía.

«Señor, el peso de mis años no me permite acompañaros al campo de batalla pero aquí tenéis a mis tres hijos que pueden lo que yo debiera hacer, dispuestos a derramar su sangre al pie de la bandera que defendéis».

Fue así como ingresó al ejército de la República Federal de Centroamérica, donde fue lugarteniente del General Francisco Morazán y llegó a ser general del Ejército federal, ganando liderazgo político y militar, lo que le valió ser Diputado de la Asamblea Constituyente de 1830.

La primera experiencia militar de Cabañas fue en la Batalla de La Trinidad el 11 de noviembre del mismo año. Participó además en las batallas de San Salvador, Las Charcas, y además, destacó en las Batalla del Espíritu Santo y en la Batalla de San Pedro Perulapán —llevada a cabo en territorio salvadoreño—, ocurridas el 6 de abril y el 25 de septiembre de 1839, respectivamente.

El 13 de noviembre de este mismo año, venció a las fuerzas del general José Francisco Zelaya y Ayes, en la Batalla en el Sitio de la Soledad, en inmediaciones de Tegucigalpa, y luego fue derrotado por el mismo general el 31 de enero de 1840 en Los Llanos del Potrero.

Tras la derrota liberal de 1840, Cabañas y el general Francisco Morazán se retiraron de Guatemala y se exiliaron en Panamá. Luego Cabañas viajó a Costa Rica.

Cabañas, estableció una leal amistad con el General Francisco Morazán, a quien, como dice el General Luis Maldonado, le decía “Mi Amado General” en su correspondencia. Tras la de la muerte de este, en Costa Rica el 15 de septiembre de 1842, el General Cabañas expresó su descontento: «No es posible. A nosotros nos pueden fusilar, pero al general Morazán no… ese sería un crimen hacia Centroamérica…», luego regresó a El Salvador donde vivió por varios años y colaboró en el gobierno de los presidentes salvadoreños Eugenio Aguilar y Doroteo Vasconcelos. Fue Ministro de Guerra en diciembre de 1850 y fue vencido en la Batalla del Sitio de San José, de la Arada, el 2 de febrero de 1851.

Mientras Trinidad Cabañas residía en la ciudad de San Miguel, fue comunicado por una Comisión de Senadores formada por Francisco López, Vicente Vaquero y León Alvarado, de los resultados de las elecciones celebradas en Honduras a finales de 1851, en las que él había sido elegido como Presidente de Honduras. La Asamblea Legislativa de Honduras le envió el Decreto de Elección como Presidente Constitucional de Honduras, prestó la promesa de Ley y tomó posesión del cargo el 1 de marzo de 1852.

Con el objetivo de restablecer la Federación, Cabañas fue nombrado como Vice Jefe de Estado por la Asamblea Constituyente de Centroamérica, reunida en Tegucigalpa el 13 de octubre de 1852. Sin embargo Cabañas rechazó dicho cargo y manifestó: «No estoy preparado para tan alto cargo, soy un soldado, no tengo conocimientos de la administración pública», por lo que el Vicepresidente Pedro Molina asumió las tareas de celebrar asambleas en El Salvador y Nicaragua.

El 23 de junio de 1853 firmó la primera contrata para la Construcción del Ferrocarril Interoceánico de Honduras, para comunicar Omoa con Amapala, proyecto que se venía gestando desde 1590 pero que fue engavetado por el Consejo de Indias y realizado en Panamá. Como dicha idea requería de empréstitos de la banca extranjera, Cabañas, vio esta opción como un peligro a la enajenación y perdida de la soberanía nacional, por lo que desistió y el proyecto fue llevado a cabo en el gobierno de José María Medina.