Saavedra fue condenado a destierro. El 6 de diciembre de 1811 los Patricios protagonizaron el llamado Motín de las Trenzas, en contra de su nuevo jefe, reclamando conservar su autonomía y el privilegio de elegir a sus comandantes, levantándose contra el Primer Triunvirato. Fueron duramente reprimidos y, por orden de Belgrano, 4 soldados y suboficiales fueron condenados a muerte como cabecillas del motín, ejecutados y colgados en la vía pública el 21 de diciembre.

Del mismo modo suponía que tal tipo de gobierno regalista mantendría, como ocurría con Brasil, unificada a la enorme extensión territorial de las provincias liberadas, que habían integrado el antiguo virreinato rioplatense y que se encontraban habitadas por diversos pueblos que estaban secularmente en conflicto.​

El 6 de julio de 1816, Belgrano expuso ante los diputados del Congreso de Tucumán, en dos reuniones, una propuesta de instaurar una monarquía casi nominal que ofrecía el trono a los descendientes de los Incas. Según este Plan del Inca​ muy probablemente proyectó que el título correspondiera a Juan Bautista Túpac Amaru, único hermano sobreviviente conocido del inca Túpac Amaru II,​ y un gobierno efectivo de tipo parlamentario, con el objeto de lograr el pronto reconocimiento a nivel internacional de la independencia argentina.

Su propuesta de implantar una monarquía inca parlamentaria fue ridiculizada por sus contemporáneos que apoyaban la formación de una república. Sin embargo, obedecía a un inteligente cálculo por parte de Belgrano: la oferta de la corona a los Incas buscaba atraer la adhesión de parte de las poblaciones incas de las actuales zonas andinas de Bolivia, Perú y Ecuador al movimiento emancipatorio que se gestaba desde Argentina.

Fue, con San Martín y Bernardo de Monteagudo, uno de los principales promotores de la Declaración de la independencia de las Provincias Unidas en Sud América, en San Miguel de Tucumán, el 9 de julio de 1816.