I sovrani francesi, come Filippo il Bello, impongono nuovi tributi anche alla Chiesa e al clero del regno, generando tensioni con il papato. Papa Bonifacio VIII, in risposta, scomunica il re, ma Filippo il Bello riunisce gli Stati generali (clero, nobiltà e borghesia) che proclamano il potere regale come derivante direttamente da Dio, senza mediazione papale.

Questo contrasto con il papato culmina nell'"Oltraggio di Anagni", durante il quale Bonifacio VIII viene arrestato. Successivamente, il papato viene trasferito ad Avignone dal 1309 al 1377, un periodo noto come la "Cattività Avignonese", durante il quale i papi diventano strumenti nelle mani del re di Francia, indebolendo così l'autorità papale e scuotendo la cristianità.

I fedeli si distaccano sempre di più dalla chiesa, ciò porta alla diffusione di eresie.

Nel contesto dell'indebolimento del potere della Chiesa, si reclama il ritorno del papa a Roma. Ciò coincide con lo scisma d'Occidente nel 1377, causato dall'elezione di un nuovo papa italiano, contestata dai cardinali francesi che eleggono un antipapa. Questo evento porta allo scisma d'Occidente. Solo nel XV secolo, con il Concilio di Costanza, si riesce a imporre un unico papa, Martino V.

Nel XIII secolo, si formano la Camera dei Lord e la Camera dei Comuni, che costituiranno il Parlamento, simile agli Stati Generali francesi. La guerra dei Cent'anni tra Francia e Inghilterra, iniziata nel 1337 e durata fino al 1453, segna la Francia come vincitrice, soprattutto grazie all'eroismo di Giovanna d'Arco, che libera Orléans prima di essere catturata e bruciata sul rogo nel 1431. Alla fine della guerra, gli inglesi perderanno gran parte dei loro territori in Francia, mantenendo solo Calais. La dinastia dei Valois rende la Francia lo stato più forte d'Europa.