Após sua morte a coroa portuguesa começou a busca por incessante por candidatos, onde dentre eles estava o rei da Espanha, Filipe II, neto de dom Manuel o rei de Portugal.

A nobreza portuguesa e a alta burguesia via com bons olhos a ideia de um rei espanhola, pois as proporcionava privilégios, como a viabilização de sua participação no lucrativo comércio de escravos nos domínios coloniais da Espanha.

O rei da Espanha tornou-se o mesmo rei de Portugal, criando-se uma monarquia dual ou união Ibérica.

Teve que assumir um conjunto de compromissos com os portugueses, como a permanência do monopólio do comércio colonial, a continuidade de funcionários portugueses na administração, o respeito às leis e aos costumes, a preservação da língua portuguesa, além de vetar a intromissão espanhola nos negócios portugueses com suas terras além-mar, preservando a independência legal e administrativa.

No dia primeiro de dezembro o Duque de Bragança, D. João IV, é aclamado rei de Portugal, marcando o fim da União Ibérica.

porém a ocupação holandesa ocupação de Salvador dura cerca de um ano até que uma força luso-espanhola recupera a cidade.

Em fevereiro de 1637 Maurício de Nassau é nomeado governador-geral do Brasil Holandês. Onde governou o Brasil Holandês até 1644, implementando várias reformas administrativas, econômicas e urbanísticas. Ele promoveu a construção de infraestruturas, a tolerância religiosa e o desenvolvimento científico e cultural.

No mesmo ano de 1637, ocorreu a Conquista de Porto Calvo, Alagoas.

Em 1638 ocorreram falhas na tentativa de conquistar Salvador novamente.

porém entre 1639 a 1640 ocorreu a Conquista do Maranhão.

Assim em 1645 se da o Início da Insurreição Pernambucana, uma série de revoltas dos colonos luso-brasileiros contra o domínio holandês.

Entre 1645 e 1649 ocorrem guerras de resistência. Algumas batalhas significativas incluem a Batalha dos Guararapes (1648 e 1649), onde os luso-brasileiros obtêm vitórias importantes.

Após a expulsão holandeses continuam a reivindicar partes do Brasil, mas não conseguem recuperar o controle até 1661, quando Portugal paga uma compensação aos Países Baixos, que renunciam formalmente às suas reivindicações sobre o Brasil.