En coincidencia con la temporada de los deshielos cordilleranos, los máximos caudales de esta corriente de agua se registran entre fines de octubre y marzo, con los picos más altos a fines de diciembre.

El segundo río en importancia es el Jáchal. Localizado en el norte de la provincia, sus aguas también son producto del derretimiento de la nieve acumulada en la denominada Cordillera del Límite.

Su cuenca tiene 28.000 km², una longitud de 640 km y un aforo medio anual de 10 m³/segundo.
Se utiliza para consumo humano, ganado, el riego agrícola de unos 12.000 km² de superficie y para la generación de energía eléctrica en el dique Cuesta del Viento y la central de Salto de La Loma.
Ubicada sobre el río Jáchal, la Presa Cuesta del Viento constituye una importante central hidroeléctrica, destinada también a proveer de agua a la actividad agrícola y minera en la zona.

Tiene su naciente en la zona del volcán Pissis, entre las provincias de Catamarca y La Rioja, ocupa una estrecha franja en sentido norte-sur del departamento Valle Fértil, en territorio sanjuanino.

La cuenca del río Bermejo posee una superficie aproximada de 35.456 km2 y forma parte del Sistema Colorado.
Sus aguas son aprovechadas para riego y el río se extingue al pasar por cada localidad, pero aguas abajo reaparece por las vertientes que brotan en el lecho arenoso, alimentadas por las infiltraciones que se suceden aguas arriba. Su caudal no supera los 2 m³/seg en la temporada de verano, época de crecientes. El resto del año es prácticamente un cauce seco.

Río Huaco

Las vertientes de los cerros Huachi y Negro dan origen al río Huaco que a su vez da vida a una llanura de inundación, que tiene sus mayores aportes de agua en la época de crecientes.
Se desarrolla en la Quebrada de Huaco y atraviesa la precordillera en dirección oeste-este.
A través del dique Los Cauquenes surte de agua a los pobladores de La Ciénaga y Huaco y el riego de unas pocas hectáreas de cultivo.

Río Valle Fértil
El clima y el paisaje de este departamento se distinguen del resto de la provincia por su ubicación en el extremo noroeste de las sierras pampeanas, surcado por arroyos y ríos con agua todo el año.

El recurso hídrico proviene de las vertientes y arroyos que crecen con las lluvias estacionales.
El río Valle Fértil irriga el valle del mismo nombre y para su aprovechamiento en San Agustín, la villa cabecera, se construyó un dique para almacenar el vital elemento tanto para el consumo de la población como para el riego agrícola.

En la zona sur, se destacan los ríos La Mesada, Áspero, Chucuma y Astica, cursos todos de bajos caudales.