Como premio a su aprovechamiento, Comenius es seleccionado para estudiar en la universidad de Herborn, sobresaliendo entre todo el alumnado. Luego entre 1611 y 1614 triunfa en la universidad de Heidelberg, gracias al apoyo dado por Carlos Zerotin al costear sus estudios. Nuevamente la guerra llega, ahora a los claustros universitarios. 

Comenio fue profesor y rector en las ciudades de Přerov y Fulnek, en Moravia, hasta el inicio de la guerra de los Treinta Años, cuando el ejército del Sacro Imperio envió a los habitantes de Moravia al exilio. Se estableció en Leszno (Polonia) y como obispo de los moravos ayudó a mantener la unidad de su grupo. En 1638 fue invitado a Suecia para participar en las reformas educativas. Suecia, donde trabajó hasta 1648. Después pasó a Polonia, Hungría y Holanda. 

La palabra didáctica proviene del griego διδακτικός, ή, όν didaktikè significa el arte de enseñar. Magna significa grande moralmente. Esta obra recoge el necesario método. Comenio busca la sistematización de los procesos educativos. Habla de la globalidad de las unidades, aspecto que hoy en día aún se tiene muy en cuenta. Cada aprendizaje debe formar parte de otro o inducirlo. 

En su didáctica magna, hace una reforma de la organización escolar, distingue cuatro escuelas muy parecidas a las actuales: 

Comenio definió la educación como el arte de hacer germinar las semillas interiores que se desarrollan no por incubación sino cuando se estimulan con oportunas experiencias, suficientemente variadas y ricas y sentidas siempre como nuevas, incluso por quién la enseña.

Su método pedagógico tenía como base los procesos naturales del aprendizaje: la inducción, la observación, los sentidos y la razón.

Parte de su propuesta pedagógica era eliminar totalmente la violencia del proceso educativo.

Exigió con firmeza que la educación primaria fuera obligatoria.

La educación debe ser comprensiva, no memorística,  y un proceso para toda la vida, que integre las actividades creativas humanas y sus principios para una amplia reforma social basada en la unión de la teoría, la práctica y la crisis (estímulo para el pensamiento).

De la misma forma que hay armonía en el macrocosmos Comenio dedujo que el hombre, igualmente, debe convertirse en un todo armónico si han de desarrollarse plenamente todas sus potencialidades y habilidades, y no simplemente la razón.

A los hombres se les ha dado una oportunidad para la perfectibilidad continua e interminable, para la creatividad, para la educación permanente y para la autoeducación. Todo el mundo tiene el deber de aprovechar esta oportunidad, un deber tanto filosófico, como político y religioso.

La reforma educativa que propuso estaba íntimamente ligada con la búsqueda de una renovación moral, política y cristiana de la humanidad.

Defendió la idea de una escuela para todos, hombres y mujeres, señalando a las autoridades gubernamentales como responsables de su difusión y organización.

Decía que «el aprendizaje debe comenzar en el hogar (siguiendo las ideas sustentadas a partir de la Reforma) siendo de esta manera que los padres serían los primeros educadores. Y esto significaba la inclusión de la madre. Entonces si las madres no fueran educadas, después no educarían a sus niños».

La instrucción ayudaba a aumentar el bienestar de un país, así como también sus buenos modales.

Para los niños de escasos recursos pedía que recibieran ropa, libros y los materiales escolares, gratis a fin de que tuvieran las mismas oportunidades que los ricos.

Le costó un gran trabajo cambiar los métodos tradicionales basados en el uso de golpes y violencia.

El maestro no solo debe encarnar el método de enseñanza, sino él como modelo para sus alumnos. Comenio, centra su esfuerzo, en un modelo pedagógico para reglamentar y prescribir qué se debe, cómo y cuándo enseñar dando fundamental importancia al niño como objeto del acto educativo al que se le debe estimular positivamente para que ame el conocimiento, dando éste de manera metódica, sencilla y primordialmente que aprenda haciendo, es decir activando todos sus sentidos.

El maestro según Comenius debía conocer primero las cosas que enseñaba. Además, debe aprender que no debe avanzar mientras los conocimientos básicos no estén firmes en la mente del alumno

La docencia para Comenius era el oficio más noble entre todos.

Para Comenio, enseñar se debe a una disposición de tres cosas: tiempo, objeto y método. 

Para aprender y enseñar recomendó proceder de lo conocido a lo desconocido, desde lo simple a lo complejo, etc. 

Comenius plantea un método práctico de aprender en el que los conocimientos se infiltren suavemente en las almas, llevando al entendimiento la verdadera esencia de las cosas e instruir acerca de los fundamentos, razones y fines de las más principales cosas que existen y se crean. 

Cuatro son, por tanto, las condiciones que se deben procurar en el adolescente que desea investigar los secretos de las ciencias:
I Que tenga limpios los ojos del entendimiento.

II Que se le presenten los objetos.

III Que preste atención.

IV Que se le presenten unas cosas después de otras, con el debido método; así conocerá todas las cosas con certeza y expedición.

Imaginó una escuela primaria en cada pueblo de Checoslovaquia y deseó que ésta llamara la atención de los alumnos: con árboles alrededor y flores en las huertas. Las paredes de los salones debían ser adornados con cuadros. Cerca de ella debían estar los talleres y junto a las aulas los campos para los juegos de los alumnos.
Diseñó una arquitectura de cómo debían ser construidas las escuelas: con patios, jardines, etc.

Dado el contexto bélico en el cual vivió, uno de los ideales más importantes para Comenius era la paz. Desde su punto de vista, la paz era un valor que debía ser resguardado por un tribunal internacional encargado de evitar las causas de los conflictos bélicos. Su reforma educativa estaba íntimamente ligada a una renovación moral, política y cristiana de la humanidad.

Otro aporte de gran importancia, con una de sus obras «Orbis-Pictus», es la inclusión de ilustraciones para enseñar y la utilización del teatro y la interpretación teatral como un instrumento importante de motivación y estimulación del aprendizaje.

Para Comenius, un principio clave para aprender es presentar directamente la realidad. «Puede también, si en alguna ocasión falta el original, emplearse modelos o representaciones. Esto es, modelos o imágenes preparadas para la enseñanza (...)»

Comenio plantea algunos principios claves para el futuro pedagógico de las presentaciones y representaciones de la realidad:

El primero es de orden psicológico: no hay nada en el entendimiento que no haya estado previamente en el sentido.

El segundo, epistemológico: la verdad y la certeza provienen del testimonio de los sentidos.El tercero, metodológico: percepción primero, explicación (análisis y síntesis).

Es de gran utilidad para Comenius que el contenido de los libros se reproduzca en las paredes de la clase, o  los textos expresados con concisión o dibujos de imágenes y emblemas que impresionen constantemente los sentidos, la memoria y el entendimiento de los discípulos.