Vittorio Emanuele II de Savoie avec un décret royal du 31 décembre 1863, ajoute au nom de la ville le terme « Ligure » car il y avait trop de villes en Italie avec le nom de Santa Margherita. 

Il décidait de les faire occuper vite pour leurs positions stratégiques : il a apporté au petit bourg une modification importante en améliorant le port afin de l'utiliser pour des raisons militaires.

Napoléon décidait aussi d’unir les deux bourgs et appelait la nouvelle ville Port Napoléon.

Ce choix a été courageux par Napoléon, parce que les deux bourgs étaient en conflit depuis plusieurs années, donc pour les nouveaux citoyens il était difficile vivre en paix.

Le 2 juin 1797 la délégation génoise part pour rencontrer Bonaparte.Le soir du 3 juin, elle est convoquée par Bonaparte.Napoléon critique vivement le gouvernement aristocratique  génois et dit qu’il veut marcher sur Gênes avec ses troupes pour venger les offenses subies.

Dans son discours, il affirme aussi la nécessité de réformer le droit génois et oblige, comme condition nécessaire pour la Ligurie, à renoncer à l’aristocratie pour créer un gouvernement dans lequel il y a une place pour toutes les personnes honnêtes et confiantes en la France.

Le 5 et 6 juin 1797 sont les deux journées dans lesquelles la nouvelle Constitution de la République est écrite par Cambiaso, Carbonara, Serra et Bonaparte.
Le jour suivant la délégation envoie au Minor Consiglio (Petit Conseil) le premier texte de l’Accord de Mombello, avec une lettre.L’année suivante Gênes proclame l’état de siège et un comité gouvernemental composé par 15 hommes est créé.

Après l'arrivée du général Massena, les révoltes populaires portent Gênes à être sous le siège d’Autriche. Massena est battu par l’Autriche le 2 juin 1800 et le 4 juin commence la brève domination autrichienne. Après la victoire de Napoléon à Marengo, il demande au trois délégués si la république de Gênes veut être annexée à la république francaise.

Napoléon roi d’Italie
Napoléon est proclamé Roi d’Italie à Milan le 26 mai 1805.  Quand Bonaparte arrive à Gênes en visite officielle il est accueilli par Michelangelo Cambiaso, devenu maire de Gênes, qui lui remet les clés de la ville.

A Santa Margherita il y a plusieurs églises en style baroque:

Le sanctuaire, édifié dans l’XI siècle, est consacré à la Vierge Marie à partir de 1783 quand une statue en bois est retrouvée dans les eaux de Santa Margherita Ligure et on décide de la conserver dans l’église baroque. La statue de la Madonna della Lettera, qui selon certaines sources se trouvait à Messina pendant le tremblement de terre de 1783, a été transportée des eaux de la mer Tyrrhénienne jusqu’à la Ligurie.

Il était vénéré surtout par les paysans de Santa à un moment où la population se dédiait surtout à l’agriculture. Pendant la fête était chanté l’hymne de Ghiaia qui rappelle la bataille de pierres entre les habitants de San Giacomo di Corte et ceux de Santa Margherita. Cette bataille se termina avec la victoire des habitants de Santa Margherita. 

Pendant la République de Gênes et même après la fin de l’Empire Français, les rivalités (bien que disparues aujourd’hui) continuèrent jusqu’aux années 60 du 20^ème siècle. 

Aujourd’hui encore, l’hymne de Ghiaia est entonné pendant la fête du Printemps qui a lieu du 18 au 20 mars. 

Le 5 avril 1798, un Décret du Directeur législatif ordonna la livraison de tous les équipements en or qui n’étaient pas nécessaires aux usages cérémoniaux. Durant ces années, l’oratoire de San Bernardo résultera, en outre, occupé par une compagnie de comédiens, lesquels furent éloignés après peu de temps. 

Après que les français se soient retirés de Gênes, la Confrérie pût alors reprendre son activité en 1814. Pendant plusieurs décennies, on essaya de faire revenir les traditions antiques, par exemple grâce à la rénovation de l’édifice après sa restauration en 1873 puis celle de 1961. 

Il fût dédié à Saint Erasme, prêtre martyre du 4^ème siècle et protecteur des gens de la mer. Reconstruit au 17^ème siècle, aujourd’hui il présente une façade datant de cette époque. À l’intérieur sont conservés des modèles en bois de navires anciens comme les ex bulletins des marins, de riches meubles et des vêtements sacrés. A partir de 1638, il devient le siège de la Confrérie de Saint Erasme, née dans le but de fournir une assistance et des aides mutuelles. En 1648, le cardinal Stefano Durazzo approuva les Statuts de la Confrérie. Entre le 17^ème et le 18^ème siècle, la Confrérie joua aussi le rôle de Capitainerie du port, en exerçant ainsi les droits portuaires. Après la parenthèse de l’époque Napoléonienne, entre 1811 et 1814, au cours du XIXème siècle, elle reprit l’activité qu’elle poursuit encore aujourd’hui. À chaque Noël, la Confrérie établit à l’intérieur de l’Oratoire une magnifique crèche avec les figures et les décors typiques du quartier de Corte. 

L’église paroissiale est dédiée à San Siro depuis sa naissance. Ce dernier était un homme de charité, un prêtre attentif, courageux et disponible.