Las variaciones entre verano e invierno no pasan de los 10ºC, lo que determina el clima llamado 

La isoyeta de más de 1.000 mm. cruza el extremo norte de Misiones. Al norte de Entre Ríos encontramos la de 1.000 mm, que desciende a 800 mm en el sur del delta del Paraná. Como vemos, la región mesopotámica está favorecida por las precipitaciones pluviales en’ forma pródiga. La zona de Misiones, de más de 1.600 mm de lluvia anual, está considerada, conjuntamente con la zona de la cordillera patagónica comprendida desde el sur del Neuquén hasta Chubut, como las regiones donde más llueve en el país.

Resumiendo: Misiones tiene veranos calurosos, inviernos relativamente frescos, lluvias copiosas. En Corrientes y Entre Ríos van decreciendo estas condiciones.

La región mesopotámica dispone de una importante riqueza forestal. Los bosques misioneros llegan a cubrir 20.000 hectáreas, con las más ricas variedades arbóreas,

como el pino de Brasil, el cedro, el lapacho y el peteribí. En Corrientes se encuentran el urunday, la palmera, el algarrobo, el chañar y el espinillo; y Entre Ríos cuenta con álamos, sauces, algarrobo blanco y timbó.

Con respecto a la fauna, el Parque Nacional Iguazú es hábitat de gamos, serpientes_, coatíes, carpinchos, papagayos_, tucanes, garzas, osos hormigueros y variedad de peces: salmón, pirá-pirá y dorado.

En la selva de Montiel, al norte de Entre Ríos, se encuentra el parque o espinal mesopotámico_, de gran riqueza forestal; allí son comunes, la vizcacha, el tumo, el yaguareté y el carpincho. Además, es muy importante el grupo de aves, entre las que se encuentran el hornero, el caburé, el gavilán y variedad de pájaros acuáticos. El sur de la Mesopotamia posee animales de agua: tortugas, ranas y sapos. En el Parque Nacional El Palmar habitan gallaretas, ñacundaes, pájaros carpinteros y aves de presa.

En el territorio se pueden determinar cuatro subregiones con características de relieve

propias: la Meseta Misionera, las Planicies y Esteros Correntinos, las Lomadas Entrerrianas y las Tierras Bajas del Delta del Paraná.

La primera se corresponde con la provincia de Misiones e incluye, además de la meseta que forma parte del macizo brasileño, tres grupos de sierras: las de la Victoria, las de Misiones y las de Imán. Las de la Victoria poseen las cataratas del río Iguazú, que constituyen una importante reserva natural.

La zona de planicies y esteros comprende el noroeste de la provincia de Corrientes; es una tierra baja y anegadiza ocupada por las aguas fluviales que forman bañados y esteros, entre los que se destacan los del Iberá y de las Maloyas.

Hacía el centro de la provincia comienzan las lomadas, que se extienden hasta el norte y centro de Entre Ríos. Este territorio se caracteriza por tener un terreno de mediana altura que presenta elevaciones de suave pendiente.

Hacia el sur de la provincia de Entre Ríos se encuentran las tierras bajas del delta, anegadizas y cubiertas por numerosas islas húmedas, arboladas e inundables.

En el norte el clima es húmedo y caluroso, con precipitaciones de 1.700 mm anuales. La zona correntina tiene clima subtropical con lluvias decrecientes del nordeste al sur, que se distribuyen de manera uniforme a lo largo del año. Este clima persiste en el norte de Entre Ríos y se vuelve más templado hacia el sur de la provincia.

El sistema hidrográfico de la región es muy importante. Hay gran cantidad de ríos aunque tienen cursos cortos. Los más relevantes son el Paraná y el Uruguay, con sus afluentes: Iguazú, Uruguarí, Pepirí Guazú, Acaraguay, Chirimay, Hernandarias y Gualeguay. Entre las lagunas, se encuentran las de Trim, Luna, Fernández e Iberá.

Dentro de la hidrografía de la región se destacan las Cataratas del Iguazú, un conjunto de 275 saltos que caen en forma vertiginosa desde 70 m de altura, en escalones y cascadas, en el curso del río Iguazú, a unos 20 km de su desembocadura en el Paraná.