Perilaku orang Madura terhadap orang Dayak dan keserakahan mereka yang telah menguras dan merusak alamnya menjadi salah satu dasar pemicu timbulnya konflik di antara mereka. Ketidakcocokan di antara karakter mereka menjadikan hubungan kedua etnis ini mudah menjadi suatu konflik. Korban diprediksi mencapai 500-1000 orang, dan lebih dari 25.000 orang meninggalkan rumahnya untuk mengungsi 

Forum Cinta Damai Aceh Singkil (Forcidas) mengadu terkait adanya diskriminasi dalam mendirikan gereja. Sebelum maupun sesudah peristiwa pembakaran gereja Huria Kristen Indonesia pada 13 Oktober 2015, izin pembangunan gereja dipersulit. Padahal, seluruh persyaratan yang tercantum dalam Pergub Tahun 2007 tentang izin pendirian Rumah Ibadah telah dipenuhi. Syarat-syarat itu ditetapkan karena umat Islam semestinya tidak mendukung pendirian tempat ibadah agama lain. . Perusakan gereja dilakukan dengan melempar batu batu hingga rusak. Setidaknya 8.000 warga Kristen Aceh Singkil sempat mengungsi ke dua desa di Sumatera Utara yang bertetangga, menyusul kerusuhan yang menewaskan seorang warga dan melukai sejumlah orang, termasuk seorang petugas polisi.

Gereja Kristen Indonesia Yasmin disegel oleh Satpol PP Kota Bogor sebagai pelaksanaan perintah wali kota. Semenjak saat itu, umat beribadah di halaman gereja dan di jalan. Karena selalu mendapat intimidasi, umat mengalihkan tempat ibadah di rumah jemaat. Konflik ini terjadi karena adanya pihak intoleran.  Dampak yang ditimbulkan dari produk hukum daerah diskriminatif antara lain hambatan pelayanan publik, hilangnya hak konstitusional warga untuk menjalankan ibadah, stigma terhadap kelompok LGBT/waria dan pekerja seks, meningkatnya kesulitan pendirian tempat ibadah, dan potensi tindakan kekerasan terhadap kelompok minoritas 

Peristiwa tersebut terjadi ketika massa Gereja Injili di Indonesia (GIDI) berusaha membubarkan jemaah Muslim yang tengah menjalankan shalat Idul Fitri. Akar penyerangan di Tolikara adalah ketidakadilan dan diskriminasi berkelanjutan. Massa mengamuk setelah polisi melepaskan tembakan. Mereka lalu membakar kios, yang kemudian merembet hingga menghanguskan puluhan rumah toko dan sebuah musala di sekitar lapangan. Akibat kerusuhan ini, satu orang tewas dan belasan lain luka-luka terkena peluru 

Aparat Brimob Polda Papua melakukan penyerbuan kepada warga di Desa Wonoboi, Wasior, Manokwari, Papua. Penyerbuan itu dipicu oleh dibunuhnya lima anggota Brimob dan satu orang sipil di perusahaan PT Vatika Papuana Perkasa. Menurut laopran Kontras (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan) perusahaan kayu PT VPP dianggap warga mengingkari kesepakatan yang dibuat untuk masyarakat. Saat aparat setempat melakukan pencarian pelaku, terjadi tindak kekerasan berupa penyiksaan, pembunuhan, penghilangan secara paksa hingga perampasan kemerdekaan di Wasior.

Masyarakat sipil Papua sedang mengadakan Hari Raya Paskah namun, masyarakat setempat dikejutkan dengan penyisiran terhadap 25 kampung. Penyisiran dilakukan akibat sekelompok massa tak dikenal membobol gudang senjata Markas Kodim 1702/Wamena dan diduga  membawa lari sejumlah pujuk senjata dan amunisi. 

Pemindahan paksa terhadap warga 25 kampung menyebabkan warga meninggal dunia karena kelaparan dan tersiksa. Komnas HAM juga menemukan pemaksaan penandatanganan surat pernyataan, serta perusakan fasilitas umum, (gereja, Poliklinik, gedung sekolah) yang mengakibatkan pengungsian penduduk secara paksa

Kejadian ini ditengarai diawali oleh teguran kelompok pemuda kepada anggota Tentara Nasional Indonesia (TNI) yang membawa mobil Toyota Fortuner Hitam tanpa menyalakan lampu. Teguran itu rupanya menyebabkan pertengkaran yang berujung penganiayaan oleh TNI.  Warga Paniai berkumpul dan meminta aparat melakukan pertanggung jawaban terhadap remaja yang dipukul. Warga berkumpul di lapangan Karel Gobay, namun sebelum dilakukan pembicaraan, aparat gabungan TNI dan Polri sudah melakukan penembakan ke warga. Empat orang tewas ditempat, 13 orang terluka dilarikan ke rumah sakit 

Pasukan Organisasi Papua Merdeka/OPM menyandera 50-100 orang dipimpin oleh Kelly Kwalik. Pasukan ABRI dipimpin oleh Prabowo Subianto diterjukan mencapai 600-800 orang. Penyerbuan ini dinamakan operasi pembebasan sandera mapenduma. 

Fenomena konflik kerusuhan yang melibatkan Etnik Bali dan Etnik Lampung,  awalnya hanya merupakan konflik antar desa namun kemudian berkembang menjadi konflik antar etnik. Konflik ini dipicu oleh peristiwa kecelakaan sepeda motor yang disertai pelecehan seksual yang melibatkan pemuda dari Desa Balinuraga (Etnik Bali) dan pemudi dari Desa Agom dan Desa Negeri Pandan (Etnik Lampung). Sikap Etnik Bali (Balinuraga) dalam hidup bermasyarakat yang dianggap menyinggung perasaan dan tidak sesuai dengan adat istiadat etnik pribumi (Lampung).