Основные породы деревьев здесь ель сибирская (Picea obovata) (40 – 50%), пихта сибирская (Abies sibirica) (20 – 30%), кедр (Pinus sibirica)(до 10%) и береза пушистая (Betula pubescens) (5 – 10%). Подлесок развит слабо. 

 

Выявлено 64 вида, 34 из них являются эпилитными, то есть произрастают на поверхности камней в виде тонкой разноцветной корочки.  Лишайники являются практически единственным источником органического вещества, определяющим процесс почвообразования и развития местной жизни.

Заяц беляк (Lepus timidus) на охраняемой территории многочислен встречается круглый год с равномерно невысокой плотностью 

Годы резких колебаний численности белки практически не сказались на состоянии поголовья ее четвероногих врагов – соболя (Martes zibellina), куницы (Martes martes) и их помеси - кидуса. Численность куницы в заповеднике является стабильно высокой на протяжении последних 10 лет. 

Повсюду на реках заповедника обитает речной бобр (Castor fiber). Этот неутомимый строитель проник сюда сравнительно недавно (с 50-х годов минувшего века). 

Волки (Canis lupus) держатся на охраняемой территории «Вишерского» круглый год. В отдельные годы высокой численности лося и северного оленя их общее количество доходило до 15 и более голов. 

В отличие от рыси, росомаха (Gulo gulo) чувствует себя в вишерской тайге довольно комфортно, Этот небольшой, но сильный хищник постоянно движется за группами лосей и северных оленей. 

Избегающая таежной глухомани лисица (Vulpes vulpes) в заповедных лесах малочисленна. Более-менее плотно заселены лисами лишь крайние южные районы заповедной зоны, прилегающие к обширным вырубкам Вайского лесхоза.

 Крупнейший зверь заповедной Вишеры – лось (Alces alces) на охраняемой территории обычен. Зимние учеты лосей на стойбищах показали, что на зимовку в заповеднике остается примерно половина сохатых - от 30 до 50 животных.

Другим видом копытных постоянно обитающим на Вишерском Урале, является северный олень (Rangifer tarandus). Собираются в довольно крупные стада, насчитывающие от 10 до 60 и более особей.

Крошечная бурозубка (Sorex minitissimus) - самый мелкий представитель мировой фауны. За весь период исследовательских работ было отловлено всего две крошечных бурозубки. 

Водяная кутора (Neomus fodiens) - встречается практически во всех биотопах горно-лесного и подгольцового поясов.

 

Характерными пернатыми  являются чернозобый дрозд (Turdus atrogullaris), синехвостка (Tarsiger cyanurus), пеночка-зарничка (Phylloscopus inornatus) На заповедной Вишере обычны пятнистый конек (Anthus hodgsoni), пятнистый сверчок (Locustellalanceolata), белокрылый клест(Loxia leucoptera) и овсянка крошка (Emberiza pusilla).

Редкая в Прикамье птичка сероголовая гаичка (Parus cinctus) обычно держится вместе с очень похожей на нее наиболее многочисленной таежной синицей – буроголовой гаичкой (пухляком) (Parus montanus).

Другими постоянными обитателями безлесных горных вершин являются куропатки: тундряная (Lagopusmutus) (встречается в Пермском крае только на Вишерском Урале) и белая (Lagopus lagopus).

Изредка в горных тундрах заповедника регистрируется белая сова (Nyctea scandiaca), а из мелких воробьиных птиц отмечен на гнездовании лапландский подорожник (Calcarius lapponicus).

Редко можно услышать разноголосую песню зеленой пересмешки(Hippolais icterina), задорную трель пеночки-трещотки(Phylloscopus sibilatrix). Самая многочисленная гнездящаяся уткой в заповеднике - гоголь (Bucephala clangula). Высокой численностью отличаются крохали, большой (Mergus merganser) и длинноносый (M. serrator). Кряква (Anas platyrhynchos) не только гнездится, но и регулярно зимует. Самым массовым пернатым обитателем является мелкий куличок перевозчик (Actitis hypoleucos). Немногим уступают ему численности черныш (Tringaochropus) и оляпка (Cinclus cinclus),

В прибрежных еловых лесах особенно многочисленны зяблики (Fringilla coelebs), юрки (Fringilla montifringilla), пеночки-таловки (Phylloscopus borealis) и зеленые пеночки (Phylloscopus trochiloides). Три вида доминируют по численности во всей лесной зоне. Самые распространенные теревиные  – рябчики (Tetrastes bonasia). Тяготеют к речным поймам и горным березовым редколесьям.
 

По мере удаления от реки и подъема в горы происходит некоторое обеднение видового состава и уменьшение численности пернатых. 

Появляются сероголовые гаички и трехпалые дятлы. В изобилии встречаются пеночки-веснички (10–20 пар/км²), становятся обычными овсянки-крошки (4–9 пар/км²), варакушки (Luscinia svecica) (2–4 пар/км²) и щуры (Pinicola enucleator) (4 пары/км²), многочисленные дрозды.
Из пернатых хищников: полевой лунь(Circus cyaneus) и ястребиная сова (Surnia ulula).

Наиболее обычным пернатым хищником открытых горных пространств является мелкий сокол дербник (Falco columbarius).

 Живородящая ящерица (Lacerta vivipara) единственная на особо охраняемой территории рептилия.Численность этого пресмыкающегося выше всего на лесных полянах в непосредственной близости от кордонов, стоянок и заброшенных изб, где на хорошо прогреваемых солнцем открытых местах ящерицы находят обильный корм и множество укрытий под старыми досками, пнями, поленницами и стенами домов.

 

Европейский хариус (Thymallusthymallus) – самая известная вишерская рыба, определяющая сложившийся в массовом сознании образ этой реки. Речной гольян (Phoxinusphoxinus) (вандыш) на заповедной Вишере многочислен. 

Налим(Lota lota) в реках заповедника обычен (100 – 300 граммов). Усатый голец (Barbatula barbatula) (усыня) -типичный обитатель каменистого речного дна.  

Бычок подкаменщик (Cottus gobio) (бычок, ширик) -мелкая придонная рыбка. Сибирский таймень (Hucho taimen) (лень, уральский лосось) крайне редок. 

Периодически отмечаются окунь и щука, а на мелководьях  одинокие пескари. 

Личинки риакофил – подвижные хищники, активно разыскивающие своих жертв среди камней. В отличие от многих других представителей отряда эти красивые ярко-зеленые ручейники ограничиваются сооружением временных прикрепленных к грунту убежищ, где личинка может перелинять без риска для жизни.

Арктопсихе и гидропсихе, напротив, являются искусными подводными архитекторами.