Disgustato dalla tirannia che trovò al suo ritorno a Samo, lasciò l’isola ed emigrò in Italia.

Giunto in Italia, Pitagora si stabilì a Crotone, all’epoca una potente città-Stato retta dall'aristocrazia, entrata in crisi dopo i conflitti con la vicina Locri. L’arrivo di Pitagora ne arrestò la decadenza: con una serie di discorsi convinse i Crotoniati a convertirsi a una vita sobria e moderata. Si racconta infatti che, dopo averlo ascoltato, oltre duemila persone invece di tornare alle proprie case fondarono una comunità. Emerge così l’immagine di un Pitagora educatore politico in grado, grazie alla sua autorevolezza morale e religiosa, di rianimare un’intera città richiamandola ai valori aristocratici tradizionali.

Crotone rifiorì sotto la guida di pitagorici entusiasti: il suo esercito sbaragliò nel 510 a.C. quello, tre volte più numeroso, della vicina Sibari.

I seguaci di Pitagora erano al culmine del successo, ma poco dopo la vittoria su Sibari la situazione cambiò: l’aristocrazia dominante cominciò a vedere di malocchio questa comunità o setta che divinizzava il proprio fondatore e seguiva rituali segreti, incomprensibili per i non iniziati.

Scoppiò una rivolta, che portò alla cacciata dei pitagorici da Crotone; Pitagora stesso fuggì e morì a Metaponto, forse nel 494 a.C. I seguaci sopravvissuti si dispersero, ma mantennero vivi i suoi insegnamenti anche nell’esilio.