1. ศึกษาข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับนโยบายรัฐบาลด้านการศึกษา ยุทธศาสตร์ การจัดสรรงบประมาณ เป้าหมายการให้บริการผลผลิต และ ตัวชี้วัดของกระทรวงศึกษาธิการ 

2. สำรวจข้อมูลเบื้องต้น โดยการศึกษากระบวนการในการจัดทำโครงการ และการรายงานผลการดำเนินงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับ การบริหารงบประมาณที่จัดทำ เช่น การรายงานงบลงทุน การรายงานผลการปฏิบัติงานตามแผน ฯลฯ และระบบการตรวจสอบติดตามที่รัฐกำหนด 

3. ศึกษาแนวทางการปฏิบัติงานตรวจสอบข้างต้น และแบบกระดาษทำการ ตรวจสอบโดยละเอียด 

4. กำหนดขอบเขตการตรวจสอบ ช่วงเวลาในการสุ่มตรวจสอบเอกสารหลักฐาน และขอบเขตของเนื้อหาในแต่ละประเด็นการตรวจสอบ ว่าควรเพิ่มเติมในประเด็นใดบ้าง จึงจะทำให้มั่นใจได้ว่าบรรลุวัตถุประสงค์การตรวจสอบที่ได้กำหนดไว้ 
5. ปฏิบัติงานตรวจสอบตามแนวทางการปฏิบัติงานตรวจสอบที่กำหนด แล้วบันทึก ข้อมูลในกระดาษทำการ 

6. สรุปรายงานผลการตรวจสอบ เสนอผู้บังคับบัญชา 

7. ติดตามผลการตรวจสอบ