https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd ddPCR af pools P1432 + P1433 en-us 2017-05-24 08:24:46 UTC 2024-05-25 21:55:59 UTC hello@padlet.com https://padlet-assets.s3.amazonaws.com/icons/Balance.png amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570765 ddPCR måling af pools P1432 + P1433

Målinger laves på prøver både pre og post PCR (efter hhv. 1 og 2. capture). Det skulle gerne være muligt at se en berigelse af targeret DNA efter 2. capture ift. efter 1. capture. 

Målinger sammenlignes med Qubit og KAPAi

]]> 2017-05-24 08:24:46 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570765 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570766 Prøver er fortyndet 1:100 og 1:10.000

Det er forsøgt at lave ddPCR hvor prøverne var fortyndet 1/3 hvilket gav et alt for kraftigt signal.



]]> 2017-05-24 08:24:46 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570766 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570767 Forsøg er lavet ud fra nedenstående opsæt. Der måles kun på KRAS og der er ikke inkluderet kontroller. ]]> 2017-05-24 08:24:46 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570767 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570768 Måling af pre-PCR prøver med en fortynding på 1:10.000 gav få postive dråber og dermed et usikkert resultat (dog ligger det tæt op af resultatet for 1:100 fort).

Der ses en kraftig forøgelse i koncentrationen efter PCR (efter 2. capture)

Sammenlignet med Qubit og KAPAi målinger giver ddPCR konsekvent et lavere resultat. Dette forventes at skyldes at Qubit måler ALT DNA i prøven - også adapter dimer, off target og DNA uden adapter. KAPAi måler også off-target og adapter dimer. LapChip ligner mest ddPCR målingerne (når der begrænset til den region som biblioteket findes i (200-1000).]]> 2017-05-24 08:24:46 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570768 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570769 Der ses kraftig forøgelse af mængden af DNA efter PCR. 

ddPCR måler sandsynligvis den mest præcise koncentration af det targeterede DNA i prøverne (meget relevant i forhold til at se hvor kraftig den targeterede berigelse er). 

Forskellen mellem ddPCR, KAPAi og Qubit kan muligvis forklares af off-target og adapter dimer.]]> 2017-05-24 08:24:46 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570769 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570770






]]> 2017-05-24 08:24:46 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173570770 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173573610 2017-05-24 08:42:36 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173573610 amandafbj https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173576127 2017-05-24 08:55:58 UTC https://padlet.com/amandafbj/nfiox010ucfd/wish/173576127