El proyecto original de Horkheimer aparece formulado, entre otras obras, en Teoría tradicional y teoría crítica y en Materialismo, metafísica y moral. Horkheimer no transformó sustancialmente el proyecto originario del Instituto para la Investigación Social. Pero sí que se puede decir, que la orientación predominantemente sociológica dio lugar a un enfoque más filosófico. Así una de las ideas centrales seguirá siendo la interdisciplinariedad. Si de transformar la sociedad se trata, si “introducir razón en el mundo” es uno de los objetivos de la escuela, un conocimiento lo más científico posible de la misma será una condición indispensable. Esta interdisciplinariedad se concretará en tres disciplinas fundamentales, que podrán verse complementadas por otras secundarias.

Así, en primer lugar, la sociología sigue siendo un instrumento indispensable. Esta ciencia, desarrollada desde presupuestos marxistas, deberá buscar líneas de investigación que muestre precisamente “lo otro” de la sociedad. Desde los presupuestos dialécticos asumidos con la escuela, totalizar un objeto de estudio tan complejo como la sociedad es falsearla. Por eso los proyectos concretos se centrarán en las formas de opresión o marginación presentes en la sociedad. Un buen ejemplo de todo esto lo podemos encontrar en los estudios sobre el antisemitismo llevados a cabo por Adorno y Horkheimer. Además de su valor sociológico, son una crónica excepcional de los mecanismos utilizados por el nacionalsocialismo en la construcción de un “sentimiento social” y de todo un sistema destinado a la marginación y exterminio de un grupo determinado. La sociología, por tanto, debe mantener la crítica de la sociedad. No es su función simplemente describir el todo social, sino precisamente impulsar su transformación al sacar a la luz lo que los instrumentos ideológicos pretenden esconder. Lo negativo de la sociedad deberá apuntar aquello que debe cambiar. Con el paso del tiempo, esta concepción de la sociología sería el centro de la llamada Disputa de la Sociología alemana, en la que la teoría crítica de los frankfurtianos (Adorno-Habermas) se enfrentó con el racionalismo crítico (K. Popper-H. Albert). Los puntos de vista de estos 4 autores aparece en un libro ya convertido en clásico: La disputa del positivismo en la sociología alemana.

Como complemento a esta perspectiva crítica de la sociedad, se hacía también necesario lograr una comprensión adecuada del individuo. Para ello, se tomó a Freud como referente y se encargó a Erich Fromm la tarea de armonizar las ideas esenciales del psicoanálisis con los presupuestos marxistas. La elección del psicoanálisis no fue, a este respecto, casual. Si una de las críticas más importantes del marxismo denunciaba la alienación que sufría el proletario dentro de las sociedades capitalistas, el psicoanálisis también apuntaba la función represiva de la sociedad sobe los impulsos del individuo. El psicoanálisis y el marxismo se complementaban a nivel teórico en su dimensión crítica, tal y como supieron ver los frankfurtianos. Con todo, ambos pensamientos eran también divergentes, y estas diferencias fueron las que, con el tiempo, provocaron la salida de Fromm del Instituto para la Investigación Social. La interpretación de Fromm, influida quizás por prejuicios de tipo religioso o moral, restaba importancia a conceptos como el de libido y presentaba una visión del psicoanálisis que a los ojos del resto de frankfurtianos no era fiel a los textos de Freud, por lo que Horkheimer y Adorno se fueron distanciando de Fromm. Para ellos, el potencial crítico del psicoanálisis había sido sustituido por una divagación cuyos resultados no eran nada claros.

Junto a la interdisciplinariedad que acabamos de comentar, hay que destacar también dos características fundamentales: la reflexividad del pensamiento y su dimensión crítica. El pensamiento debe nacer, a ojos de Horkheimer, a partir de las contradicciones de la realidad, desde todo aquello que nos hace pensar una sociedad distinta. El materialismo del que hablan los frankfurtianos no es, ni mucho menos, una teoría física sino sociológica. La sociedad misma señala los temas y las líneas de investigación en aquello que reprime, en aquello que silencia, y una sociología a la altura de su tiempo debe atender precisamente a estos mecanismos de dominación de la sociedad, para rescatar la verdad de lo que oculta. Por eso, el pensamiento debe ser crítico y reflexivo. Crítico no como negación directa de la realidad, sino como renuncia a una aceptación irreflexiva de la realidad (social) tal y como se nos presenta. La crítica parte siempre de una sencilla proposición: “otra sociedad es posible”. Sólo en la medida en que es crítico puede el pensamiento también ser reflexivo. Sólo naciendo de la injusticia misma puede llegar a modificarla, a transformarla, superando así la dicotomía teoría-práctica. Un pensamiento materialista y práctico no es una pura especulación teórica, sino una actividad de tipo práctico que contribuye también al progreso de la sociedad. El “télos” (fin) emancipatorio heredado del marxismo continúa en el pensamiento de los frankfurtianos plenamente vigente.

Este proyecto fue prácticamente abortado desde su nacimiento. La actividad de los miembros del Instituto era cada vez más vigilada, y, como ya hemos comentado, sus miembros se vieron obligados a exiliarse. Esta situación política llevó a la desesperación a los frankfurtianos, que veían una y otra vez cómo la realidad se burlaba de sus aspiraciones teóricas, de modo que la transformación esperada de la sociedad no llegaba, sino que, muy al contrario, se iba afianzando el horror y la persecución.