En la segunda vuelta, que tuvo lugar en mayo, resultó elegido Alberto Fujimori. A raíz de la victoria de Fujimori, sus detractores incitaron protestas y el 28 de julio, durante la toma de posesión de Fujimori, tuvo lugar la Marcha de los 4 suyos dirigida por Alejandro Toledo. Durante la marcha, se denunció la infiltración de matones para desorganizarla y ocurrió el incendio de una sede del Banco de ala Nación, en el cual murieron 6 de sus empleados. Se especuló que el gobierno había ordenado iniciar el incendio, ya que las instalaciones se desplomaron por completo a pesar de ser de material noble, y en los enfrentamientos entre los vehículos policiales y los manifestantes no se dio la magnitud destructiva necesaria como para destruir el Banco de la Nación.

Tercer gobierno (2000)

Tiempo después de iniciar su tercer período en 2000 y a través de la compra de un video por parte de grupos opositores, salieron a la luz el 14 de septiembre de ese año evidencias de los actos de corrupción efectuados durante su gobierno por Montesinos su más cercano colaborador. Fue mediante videos de cámara oculta que Montesinos instalaba y en los que aparecía sobornando a miembros de otros partidos para que apoyaran a Fujimori. En ese momento estalló la última crisis de su gobierno; Fujimori dio un sorpresivo mensaje a la nación el 16 de septiembre, donde anunciaba la desactivación del SIN y la convocatoria a nuevas elecciones generales, tanto para la elección de un presidente como de un nuevo congreso de la República. En estas elecciones, señaló que no participaría activamente como candidato.

Castillo logró imponerse a la derechista Keiko Fujimori, de Fuerza Popular, que aspiraba  a la presidencia del país y cuyos reclamos dilataron el nombramiento de un vencedor.

El anuncio llega a pocos días de su toma de posesión y de que el nuevo presidente de Perú para el período 2021-2026 asuma sus funciones el 28 de julio.

Como ningún candidato obtuvo el 50% más 1 voto requeridos, se realizó una segunda ronda electoral el 4 de junio entre los dos candidatos que tuvieron las más altas votaciones: Ollanta Humala de Unión por el Perú y Alan García Pérez del Partido Aprista Peruano, éste último ganó la elección según los resultados al 100% de actas computadas.