En 1786, se da la fusión de la Universidad Jesuita y la Universidad Santo Tomas de Aquino, dando como nombre a Real Universidad Pública. 

El primer paso fue la creación de colegios con el objetivo de evangelizar a los pueblos americanos.

La educación era elitista porque solo se beneficiaba a los religiosos, clases dominantes y los colonizadores de la nobleza española, mientras que la clase popular no podía acceder a la educación. Por este motivo, se fundaron colegios como una opción para los criollos.

Las universidades quiteñas nacieron en el seno de los conventos donde funcionaban los colegios. En atención al Patronato Real, los reyes eran quienes aprobaban los estatutos y el respectivo funcionamiento.
 De esta manera, la apertura dependía primero de la bula aprobatoria del Sumo Pontífice; luego, de la cédula real que constituía en el documento fundacional que aseguraba las rentas económicas necesarias para su desarrollo futuro. 

En 1836, en la presidencia de Vicente Rocafuerte se expide el Decreto Orgánico de Enseñanza Pública, cuyo Art. 1 con fecha de 1651  y en el Art 7 menciona:
“La Universidad de Quito es la Central de la República del Ecuador”

Tras verificar las evidencias históricas el Honorable Consejo Universitario resolvió, reconocer el 5 de septiembre de 1620 como fecha fundacional de la Universidad de San Gregorio Magno, génesis de la actual Universidad Central del Ecuador, se declaró como año de conmemoración de 400 años de vida institucional del 05 de septiembre de 2019 al 5 de septiembre de 2020. Se dispuso además que la fecha de fundación sea cambiada en el sello institucional. 

Tras recibir la certificación de autenticidad de un documento de la época colonial, donde se evidencia la fecha de fundación, se deja sin sustento a la fecha de 1651 que actualmente consta en el sello. La Cédula Real de 5 de septiembre de 1620 es un acta que reposa en el Libro de Oro del Archivo Histórico de la Universidad y fue parte de los resultados encontrados en la investigación realizada por Rex Sosa. 

En el año 1976 el Dr. Camilo Mena fue elegido Rector y se inició un período de regularización en la administración de la UCE hasta 1992, año en que se llevó a cabo una reforma integral de la Universidad.

Omnium Potentior Est Sapientia. Que significa "TODO PODEROSA ES LA SABIDURÍA", y puede verse en la cinta del escudo de la Universidad.

El escudo de la Universidad Central, fue otorgado a la misma por el presidente Vicente Rocafuerte en al año 1836, quien ordenó también, dotarle de su lema, y le cambió el nombre de Universidad Central de Quito al que lleva hasta hoy como Universidad Central del Ecuador.

Bandera

La bandera de la Universidad Central es de colores rojo escarlata y azul cobalto, La franja azul, se coloca diagonalmente en el campo rojo, debiendo ser el ancho de la faja, la mitad del ancho total de la bandera.