Presidía entonces el país el General Julio Argentino Roca, y su Ministro de Relaciones Exteriores, Bernardo de Irigoyen lo nombró Subsecretario en 1880. Un año después renunció al cargo de Subsecretario, y se trasladó a Europa por dos años.garantidos

Roque Sáenz Peña fue iniciado masón el 14 de marzo de 1882 en la Logia Docente.

En 1884, ya de regreso en Buenos Aires, concibió el proyecto de fundar la revista Sud América junto a sus amigos Paul Groussac, Carlos Pellegrini y Exequiel Ramos Mejía, en la que sus ideas americanistas fueron publicitadas ampliamente. Desde la publicación efrentó las ideas de Dardo Rocha.

Apoyó la candidatura presidencial de Miguel Juárez Celman. En 1887, con Juárez Celman ya en la presidencia, fue designado embajador plenipotenciario en el Uruguay. En 1889 resaltaba como representante del país en la Conferencia de Montevideo. 

Sin embargo, la candidatura del joven abogado porteño tuvo enemigos importantes, pues amenazaba con quitarle el control al Partido Autonomista Nacional del expresidente Julio Argentino Roca, enfrentado políticamente con los jóvenes juaristas y a quien Sáenz Peña llamaba "Napoleón de azúcar rubia".²​ Para dificultar su candidatura, Bartolomé Mitre, líder de la Unión Cívica Nacional y en connivencia con Roca, impulsó la del propio padre de Roque, el juez de la Suprema Corte de Justicia, Luis Sáenz Peña.

A partir de julio de 1902 se produjo en la República Argentina una división formal y definitiva en el Partido Autonomista Nacional en torno a la sucesión del dos veces presidente Julio A. Roca. La "convención de notables", instaurada desde 1903 como órgano no formal de selección del candidato presidencial del partido dominante, se fracturó en torno al incumplimiento del compromiso de postular al expresidente Carlos Pellegrini y la decisión de Roca de impulsar al abogado Manuel Quintana en la elección de 1904.

Allí nacen dos expresiones políticas dentro de la ideología conservadora: los "autonomistas nacionales" o roquistas, con su política intransigente de mantener el fraude electoral, y los "autonomistas" o pellegrinistas, sectores escindidos del P.A.N. influidos por las revoluciones radicales, los atentados anarquistas y las huelgas obreras 

Días antes de asumir la presidencia, Sáenz Peña se encontró con el presidente Figueroa Alcorta y con el líder de la oposición, Hipólito Yrigoyen. En esta última entrevista el líder radical se comprometió a abandonar la vía revolucionaria, y Sáenz Peña a promulgar una ley electoral que modernizara los comicios e impidiera el fraude electoral. Yrigoyen pidió la intervención de las provincias para impedir que sus gobernadores interfirieran con dicho proceso, Sáenz Peña se negó pero permitió que el radicalismo formara parte del gobierno.​

Dados los antecedentes de presión sobre los votantes –que votaban en voz alta– la única posibilidad de libertad electoral era el sufragio secreto, por medio de boletas escritas en sobres cerrados. Y para asegurarse que nadie fuera impedido de concurrir a votar, lo hizo también universal y obligatorio.