وتعرف هذه الطريقة باستخدام كائنات دقيقة من  بكتيريا او فطريات او طحالب لامتصاص و تحليل و تكسير المواد الملوثة السامة وخصوصاً المعادن الثقيلة السامة والمشتقات البترولية وازالتها من اماكن التلوث.
-

واستخدامها فى عملية النمو الحيوي لهذه الكائنات من مقدرة كبيرة على تحمل تراكيز عالية من المواد السامة من خلال مقدرتها على النمو وامتصاص تلك المواد السامة، كما أن بعض الكائنات لها القدرة على النمو على المخلفات الكيميائية واستخدامها كغذاء وقد استطاع العلماء عزل انواع من البكتيريا والفطريات والتى تستطيع استخدام المواد البترولية ومشتقاتها كمادة غذائية.

تتمثل المعالجة الحيوية في الاستفادة من عملية التمثيل (الآيض) الجرثومي (البكتيري) في التخلص من المواد الملوثة؛ حيث يمكن تصنيف التقانات المستخدمة إلى أيٍ من تقانة في الموقع أو خارج الموقع . حيث تتضمن تقانة (في الواقع) المستخدمة تحت مسمى المعالجة الحيوية معالجة المواد الملوثة في الموقع الذي توجد به، في حين تتصف تقانة (خارج الواقع) المستخدمة كذلك تحت مسمى المعالجة الحيوية بمعالجة الملوثات في أماكنٍ أخرى دون المكان الذي وُجِدَت به. ومن أمثلة تقنيات المعالجة الحيوية كلٌ من التنفيس الحيوي

وتعرف هذه الطريقة باستخدام كائنات دقيقة ( بكتيريا فطريات طحالب) لامتصاص و تحليل و تكسير المواد الملوثة السامة وخصوصاً المعادن الثقيلة السامة والمشتقات البترولية وازالتها من اماكن التلوث.