У 1958 році закінчив аспірантуру при НДІ педагогіки ім. Я. С. Гогебашвілі.

У 1960 році захистив кандидатську дисертацію з педагогіки. Потім Ш. А. Амонашвілі відмовився від своєї кандидатської дисертації, тому що його нові ідеї заперечували її.

У 1972 році захистив докторську дисертацію з психології на Вченій Раді Інституту загальної та педагогічної психології АПН СРСР.

У 1970—1980 роки він активно взаємодіє з відомими московськими педагогами та психологами, зокрема, з В. В. Давидовим, котрий допомагає йому, коли діяльність Амонашвілі піддалася різкій критиці з боку офіційної педагогіки, і його хотіли звільнити з посади завідувача лабораторії.

Коли Ян трохи підріс, його віддали на навчання в братську школу. У восьмирічному віці Ян залишився круглим сиротою: від чуми померли його батьки і дві сестри.

Хлопчика взяли на виховання родичі, який після обряду хрещення в 1611 році отримав друге ім’я — Амос.

Коменський продовжив навчання в Херборнській академії, потім — в Гейдельберзькому університеті. Ще в студентські роки він приступив до написання енциклопедії «Театр речей», над якою працював аж до 1627 року. Паралельно Коменський трудився над повним словником чеської мови – “Скарбниця чеської мови”.

Помер Ян Амос Коменський 15 Листопада 1670 року у віці 78 років.