L’utilisation la plus connue des OGM est dans le domaine agricole, avec en particulier l’utilisation de plantes ou d’animaux génétiquement modifiés. Cependant, les OGM sont également largement utilisés pour :

À ce jour, la consommation d’OGM n'a pas provoqué d'effets indésirables connus sur la santé. Ceci est notamment lié au fait que les OGM commercialisés sont soumis à des évaluations des risques stricts, afin d’assurer qu’ils n’ont pas d'effets négatifs sur la santé et l'environnement.

Il est donc nécessaire de poursuivre les évaluations sanitaires avant toute commercialisation, afin de prévenir tout risque pour la santé, et en vertu du principe de précaution.  En effet, tout organisme génétiquement modifié peut potentiellement présenter un risque lié à la manipulation génétique elle-même (conséquences non anticipées dues au caractère aléatoire de la manipulation génétique), mais également des traits introduits et de leur interaction avec l’environnement. En particulier, certains gènes introduits peuvent ne jamais avoir été présents dans un organisme ou un produit auparavant.

Il est également nécessaire d’exercer une surveillance à long terme pour détecter rapidement tout effet indésirable éventuel.

Ces risques potentiels, communs à l’ensemble des OGM, peuvent se retrouver amplifiés dans le cas de recours à une nouvelle technique de sélection (NBT) du fait des effets hors-cible et du multiplexing. Les effets hors cibles sont les effets non intentionnels liés à l’étape de modification génétique en elle-même tandis que le multiplexing consiste à modifier simultanément plusieurs sites du génome par une seule manipulation.

Risques environnementaux

La culture d’OGM de manière non contrôlée comporte des risques environnementaux significatifs.

Les plantes génétiquement modifiées (GM) peuvent se croiser avec des variétés sauvages et disséminer leurs gènes de manière incontrôlée dans la nature. A titre d’exemple, une plante génétiquement modifiée pour être tolérante à un herbicide risque de transmettre cette tolérance à des plantes sauvages de la même famille.

Les plantes GM qui produisent une protéine insecticide peuvent ne pas être nocives uniquement pour les insectes cibles mais peuvent aussi affecter d’autres espèces d’insectes (dits non cibles), qui jouent un rôle dans l’équilibre écologique global en étant, par exemple, prédateur de parasites. Enfin, l’utilisation en continu de ces plantes génétiquement modifiées pour sécréter des insecticides favorise l’apparition, chez les insectes cibles, de la résistance à la molécule insecticide.

Les surfaces d’OGM cultivées en 2019 correspondent à 89% à des variétés rendues tolérantes aux herbicides (VrTH). La culture de VrTH est susceptible d’entrainer une augmentation de l’utilisation d’herbicide et donc une pollution accrue des milieux (air, sol, eaux) ainsi que l’apparition de résistance aux herbicides parmi les adventices (« mauvaises herbes »).

Plus spécifiquement concernant les nouvelles techniques de sélection (NBT), il existe un risque de déstabilisation des écosystèmes en raison de la rapidité accrue de sélection des plantes. En effet, une plante avec un trait favorable peut se comporter comme une plante invasive dans les écosystèmes, et la dissémination trop rapide dans la nature de plantes génétiquement modifiées peut remettre en cause les équilibres naturels existants.

Enfin, la très faible diversité de traits aujourd’hui obtenus par les techniques de génie génétique et la nature de ces traits encourage le développement de systèmes agricoles non durables (monocultures, rotations courtes) avec des impacts sur la biodiversité et la résilience des écosystèmes.

Risques socio-économiques

L’un des principaux risque socio-économique est lié à la question des brevets et de la propriété industrielle.

En effet, au niveau européen comme français, les plantes et variétés obtenues par des méthodes de sélection « essentiellement biologiques » sont exclues du principe de brevetabilité. Ce principe de non-brevetabilité du vivant a été réaffirmé par la loi pour la reconquête de la biodiversité de 2016.

A l’inverse des plantes obtenues par sélection classique (procédé « essentiellement biologique »), les plantes génétiquement modifiées peuvent être brevetées, leur processus d’obtention ayant recours à des techniques de génie génétique, ne pouvant être considérées comme des techniques « essentiellement biologiques ». Ceci constitue alors une exception importante au principe de non-brevetabilité du vivant.

Si une plante est brevetée, cela signifie qu’il est interdit de garder une partie de la récolte pour la réutiliser en tant que semence de l’année suivante, et qu’il est impossible de s’échanger des semences. Autrement dit, le brevet entraîne une "stérilité juridique" des plantes agricoles, de laquelle découle un appauvrissement de la diversité des cultures.

A cela s’ajoute :

 

Un autre risque socio-économique porte sur les possibles contaminations de cultures non-OGM par des cultures génétiquement modifiées des champs environnants. Ces contaminations peuvent engendrer des pertes importantes, lorsque, par exemple, un agriculteur en agriculture biologique ou labellisée « sans OGM » subit une contamination par des plantes génétiquement modifiés sur ses parcelles. Sa récolte sera alors déclassée.

Celui-ci peut être introduit directement dans les cellules de l'organisme hôte ou dans des cellules cultivées ex vivo puis réintroduites dans l'organisme. Un prérequis au développement du génie génétique a été la mise au point de techniques recombinantes d'acide nucléique pour former de nouvelles combinaisons de matériel génétique héritable suivies de l'incorporation de ce matériel soit indirectement à travers un système vecteur ou directement par microinjection, macroinjection ou microencapsulation.