Pero Teseo, que había derrotado al Minotauro, olvidó cambiar las velas al estar pensando en la pérdida de Ariadna, la hija de Minos que lo había ayudado. Egeo, desesperado al creer muerto a su hijo, se mató​ lanzándose al mar que desde entonces lleva su nombre.

Los colonos de Jonia ocuparon la isla desde el año 1025 a.C. En el siglo VIII a.C.

En 491 a. C., durante la Primera Guerra Médica, tuvo lugar la venganza persa, Naxos fue tomada por el general Datis. Más tarde, los naxios se independizaron de los persas y en la batalla de Salamina aportaron cuatro trirremes a los griegos.