Phylogenetic Questions: Why More Sequences Are Not Enough. PLoS Biol 9(3): e1000602. doi:10.1371/

journal.pbio.1000602

Las esponjas carecen de rasgos complejos presentes en otros animales (p. ej. epitelios verdaderos con belt desmosomes, digestión extracelular, nervios, músculos), lo que sugiere que el ancestro común de los animales era relativamente simple y esos rasgos evolucionaron después, en el linaje que dio lugar a Placozoa, Ctenophora, Cnidaria y Bilateria.

Si las ctenóforas fueran realmente las más basales, quedaría un grupo formado por Porifera+Placozoa+Cnidaria+Bilateria para el que no se conocen sinapomorfías morfológicas claras. Esto implicaría postular múltiples ganancias y/o pérdidas independientes de rasgos clave durante la evolución animal, lo que obligaría a revisar de forma importante nuestra narrativa evolutiva.

Muchos análisis usan modelos site-homogeneous (asumen el mismo proceso de sustitución en todos los sitios). Eso es biológicamente irreal porque diferentes posiciones en una proteína toleran distintos aminoácidos. Los modelos homogéneos subestiman la probabilidad de evolución convergente y pueden confundir convergencias con homología compartida, conduciendo a errores en la reconstrucción. En este estudio aplicaron modelos site-heterogeneous (más realistas) y compararon distintas estrategias de selección de grupos externos y matrices de genes con corrección por sesgos de pérdida. Encontraron que los modelos heterogéneos se ajustan significativamente mejor a los datos que los homogéneos. Tas corregir por sesgos metodológicos (mejores modelos de sustitución, selección adecuada de grupos externos, y correcciones en modelos de ganancia/pérdida), los autores concluyen que el supuesto apoyo previo a Ctenophora-sister se debió en gran medida a sesgos sistemáticos y artefactos como la atracción de ramas largas.

Los hallazgos principales fueron que los ctenóforos y organismos unicelulares compartes patrones genéticos ancestrales; por lo contrario, las esponjas, los animales bilaterales y los cnidarios comparten reordenamientos cromosómicos derivados, eventos genéticos raros e irreversibles. Esos caracteres sinténicos compartidos unen en un grupo monofilético a esponjas, bilaterales, cnidarios y placozoos, excluyendo a los ctenóforos (los ctenófors son el grupo hermano de todos los demás animales).

"Estos reordenamientos son fusiones y mezclas cromosómicas infrecuentes, lo que añade fuerza a la conclusión de que la posición de los ctenóforos tiene respaldo firme y claro."

Dado ese patrón evolutivo, los autores proponen llamar Myriazoa al clado que agrupa a esponjas, bilaterales, cnidarios y placozoos, distinguiéndolo de los ctenóforos como el linaje hermano.

Casey W. Dunn1 , Andreas Hejnol1 , David Q. Matus1 , Kevin Pang1 , William E. Browne1 , Stephen A. Smith2 , Elaine Seaver1 , Greg W. Rouse3 , Matthias Obst4 , Gregory D. Edgecombe5 , Martin V. Sørensen6 , Steven H. D. Haddock7 , Andreas Schmidt-Rhaesa8 , Akiko Okusu9 , Reinhardt Møbjerg Kristensen10, Ward C. Wheeler11, Mark Q. Martindale1 & Gonzalo Giribet12,13 https://doi.org/10.1038/nature06614

El enfoque incluyó estrategias para eliminar “taxones inestables” y así obtener un conjunto de 64 especies con posiciones filogenéticas más confiables. Sus resultados confirmaron varios clados importantes como Bilateria, Protostomia, Lophotrochozoa y Ecdysozoa, tambien añadir y proponer nuevas agrupaciones internas.

Uno de los hallazgos más relevantes fue que, en todos los análisis realizados, los Ctenophora (medusas de peine) aparecen como el grupo hermano de todos los demás animales, desplazando a Porifera (esponjas) de la posición basal que tradicionalmente ocupaban. Los autores señalan que, si esta hipótesis es correcta, tendría implicaciones importantes: o bien las esponjas simplificaron su morfología a lo largo de la evolución, o bien la complejidad de los ctenóforos surgió de manera independiente.

Aunque los resultados muestran un soporte estadístico fuerte para Ctenophora como grupo basal, los mismos autores reconocen que es necesario incorporar más datos, especialmente de placozoos y esponjas, antes de considerar esta hipótesis definitiva. El trabajo demuestra que un muestreo amplio de genes y especies puede resolver relaciones profundas en el árbol de la vida animal que antes eran inciertas.

Los análisis filogenómicos (máxima verosimilitud y contenido génico) apoya principalmente a Ctenophora como grupo basal de Metazoa, pero muestra sensibilidad a la elección del método y muestreo taxonómico. El árbol basado en contenido génico y los inventarios genómicos de vías de señalización, genes neuronales y mesodérmicos respaldan este patrón. Sin embargo, la ausencia de múltiples genes clave para la especificación mesodérmica y la falta de algunos genes sinápticos sugieren divergencia.