Esta contienda naval no significó en absoluto la destrucción de la armada española, ya que, de los aproximadamente 15 navíos españoles que combatieron, fueron menos de siete los hundidos. La flota de guerra hispana contaba con 45 navíos de tres puentes que se pudrieron en los puertos españoles durante la Guerra de Independencia, forzados a ese lamentable estado debido a la ocupación francesa.

La batalla, aunque hubiera sido una victoria franco-española, no habría determinado la guerra contra el Reino Unido, puesto que los británicos hubieran podido rearmarse y llevar a las inmediaciones de Cádiz otra flota igual o superior a la de Nelson (tenían una armada de más de 100 navíos de línea). No obstante, una eventual victoria aliada hubiese iniciado la consolidación del poder napoleónico en el Mediterráneo.

Con todo, la batalla de Trafalgar otorgó a los británicos el dominio absoluto de los mares no solo durante las campañas napoleónicas, sino también durante la práctica totalidad del siglo XIX. 

El hecho de que la flota española fuera fuertemente debilitada durante la batalla de Trafalgar, dificultó el tráfico comercial y militar, así como el control de las colonias españolas en América, con lo que, sumado a la situación de conflicto que se daba en Europa, se facilitó el éxito de los patriotas en las guerras de independencia hispanoamericanas que se dieron a partir de 1810.
Se puede decir que España entró en el siglo XIX siendo todavía una potencia protagonista en la política europea y después de Trafalgar y de la independencia de las colonias americanas pasará a una posición de sustancial irrelevancia que durará hasta muy entrado el siglo XX.​