AFBLIJVEN Lab W2: Detectie van listeria deel 1: DNA isolatie JetFlex by P3 Labvaardigheden (Padlet Account)

AFBLIJVEN Lab W2: Detectie van listeria deel 1: DNA isolatie JetFlex by P3 Labvaardigheden (Padlet Account) https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8 Periode 3 vaardigheden en-us 2022-03-11 15:16:55 UTC 2026-02-09 10:24:44 UTC hello@padlet.com https://padlet.net/icons/png/1f9ec.png Materialen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624076 Noteer hier een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren. Noteer ook wanneer iets ingevroren of koud bewaard moet worden

Materiaal, concentratie, Bewaarinstructie, fabrikant
... ... ...
... ... ...
... ... ...]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624076 Apparaatinstellingen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624077 Noteer hier dingen als:

Hoe je te gebruiken apparaten instelt
Incubatiestappen: hoe lang, bij welke temperatuur
Centrifugestappen: welke RPM, hoe lang, werk je verder met het supernatant of het pellet?
etc.

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624077 Principe InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624078 Wat is het principe? Waarom werken deze technieken?
Het principe hoeft niet in het labjournaal genoteerd te worden. Om te begrijpen waarom methodes werken is het wel belangrijke kennis. Op de praktijktoets wordt gevraagd naar kennis van de principes.

Er zijn deze week meerdere principes:

Het principe van DNA isolatie met precipitatiemethode
Het principe van DNA concentratie / zuiverheid bepalen met nanodrop

Beschrijf hieronder alle principes kort en bondig
...
...
...

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624078 Voorschriften InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624079 Noteer hier de benodigde voorschriften

In de opdracht tekst wordt vaak gehint naar de voorschriften. Kijk naar de opdrachttekst en kijk naar de index van de voorschriften. Als je dezelfde woorden tegenkomt zijn dat vast de benodigde voorschriften.

Er zijn voor deze opdracht 2 voorschriften nodig

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624079 Doel InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624080 Wat is het doel van het experiment?

Voor het doel staan vaak hints in de opdracht tekst

Deze week ga je nog niet iets analyseren, maar je wilt aan het eind van de labdag iets hebben. Wat wil je hebben?
...]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624080 Verwachting InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624082 Noteer hier de onderbouwde verwachting van het experiment

Wat je verwacht als uitkomst heeft te maken met het doel.

Wat verwacht je dat er uit komt?

Als het doel is 'hebben van' dan is een logische verwachting dast je iets wel of niet hebt
...

Hoe verwacht je dat het resultaat er uit ziet

Hoe weet je of het geïsoleerde DNA 'zuiver' is?
Wat kan je over de resultaten van die test verwachten?
...

Waarom verwacht je wat je verwacht?

...

Beschrijf hier je verwachting in 1 alinea:
...

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624082 Extra info InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624090 Als je dit experiment kiest ga je deze week DNA isoleren uit doritos om in een volgende experiment met PCR te analyseren of er GGO-DNA in de doritos aanwezig is of niet.
Wanneer je deze week de dorito DNA isolatie kiest is het vervolgexperiment in week 4 de PCR op GGO's.

Deze week staan de antwoorden niet meer gegeven, je gaat ze zelf invullen op de plaatsen waar '...' staat. ]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624090 Opdracht InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624091 Detectie listeria deel 1: DNA isolatie
Listeria is een gram-positieve, staafvormige, facultatief anaerobe bacterie die als intracellulaire parasiet kan leven. Listeria kan gevonden worden in verschillende voedselsoorten zoals rauw vlees, rauwe groente en melk. Het kan bij 4 graden groeien, dus bewaren in de koelkast beschermt niet goed tegen Listeria. Infectie met listeria kan hersenvliesontsteking veroorzaken, het kan miskramen veroorzaken.

Er zijn verschillende soorten Listeria, ze zijn niet allemaal pathogeen (ziekmakend): Listeria monocytogenes is ziekteverwekkend, maar Listeria innocua is ongevaarlijk.

Je krijgt patientmonsters waar een bacterie-identificatie van nodig is. Bacterien zijn geisoleerd uit de patient en gekweekt op PALCAM en oxford agar, hieruit is het vermoeden ontstaan dat er Listeria aanwezig is. Je gaat met PCR bepalen of er Listeria monocytogenes of Listeria innocua aanwezig is in de monsters.

Deze week ga je genomisch bacterieel DNA isoleren en de concentratie hiervan bepalen. In een latere week ga je de PCR uitvoeren.

Isoleer met een precipitatie methode DNA uit 1 monster.

Tips

Listeria is grampositief
'Discard' betekent 'gooi weg'
Isoleer DNA niet in duplo, dat heeft geen nut
Als je DNA geïsoleerd hebt is het handig om te weten wat de concentratie is en hoe zuiver het is, er is een voorschrift over hoe je dat bepaalt met de nanodrop
Je gaat de monsters in epjes bewaren tot een latere week. Het is handig om de monsters zeer korte namen te geven (2 letters). Bedenk alvast hoe je de monsters gaat noemen zodat je ze volgende week moeiteloos kan terugvinden

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624091 Veiligheidsmap InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624092 Zoek in de veiligheidsregels op welke maatregelen van toepassing zijn op dit experiment.
Vul de veiligheidsmap aan met informatie over chemicalien die er nog niet in staan.
Doe de paginas met informatie over alle stoffen voor dit experiment vooraan in de map.

Correct gebruik van de veiligheidsmap wordt beoordeeld bij professionele werkhouding en tijdens de praktijktoets.

In de handleiding van de JetFlex DNA Isolatiekit staat in appendix E de veiligheidsinformatie]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624092 Pipetteerschema plasmide DNA InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624093 Vul hier het pipetteerschema voor TRIS/EDTA pH 8 in
Los TRIS-HCl en EDTA en vul aan tot minder dan het eindvolume zodat je ruimte over hebt om de pH te stellen met NaOH en HCl. Pas als de pH goed is aanvullen tot eindvolume.

TRIS HCl
EDTA
demiwater
eindvolume

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624093 Keuze controles... InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624094 Bijna bij elk experiment zijn controles nodig om te weten of de data van het analysemonster betrouwbaar is. Beschrijf hier welke controles je wilt maken.

Bij DNA isolatie is de uitkomst wel of geen (zuiver) DNA. Als het niet gelukt is moet het geheel gewoon opnieuw gedaan worden. Bij dit experiment hebben controles eigenlijk geen nut

Bij controleren van de concentratie / zuiverheid van DNA met nanodrop heb je wel een controle nodig: een blanco. Dit bestaat uit het materiaal waarin het DNA is opgelost aan het eind van de DNA isolatie

Noteer hier hoe je de blanco bereid (5 ul is genoeg)]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624094 Monsterlijst InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624095 Noteer hier welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Welke monsters heb je bij het isoleren van DNA?

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624095 Overzicht labdag / planning InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624098 Bij een professionele werkhouding hoort ook overzicht behouden over de labdag. Uiteindelijk op de praktijktoets word gekeken of je weet wat je moet doen, of dat in je hoofd zit of op papier mag je zelf bepalen. Een planning kan hierbij helpen

Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:

Materialen verzamelen
Waterbad of hitteblok aanzetten
Incubatietijden: hoe lang moet je 'wachten' tot er dingen klaar zijn? Dit kan bij elkaar al veel tijd kosten
Alle stappen die je gaat uitvoeren
Wat kan er tijdens 'wachtstappen' al gedaan worden?
DNA concentratie controleren: hoeveel tijd denk je dat dit kost?
Hoe laat denk je klaar te zijn met alle experimenten voor deze opdracht?
Is dit het enige experiment voor deze labdag? zo nee, zorg dat alle uit te voeren experimenten in je planning opgenomen zijn
...

]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624098 Samenwerken InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624104 Deze periode ga je voor de voorbereiding veel doen. wanneer je niet samenwerkt kan het teveel zijn om alleen te doen in een reëel tijd.

Gebruik deze padlets om samen voor te bereiden. Als je met een groepje in een padlet werkt kan iedereen er tegelijkertijd aanvullingen in zetten.]]> 2022-03-11 15:16:55 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090624104 Pipetteerschema lysozym oplossen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090743454 Noteer hier het pipetteerschema voor lysozym oplossen
Lysozym zit per 1 gram in een potje. Los alles in een keer op in het potje waarin het aangeleverd wordt.

Lysozym
TRIS-HCl
eindvolume

]]> 2022-03-11 16:29:38 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2090743454 Labjournaal InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2100217001 Bij 'toekomst' ga je later gegevens invullen over het experiment waarin je op het vandaag geisoleerde DNA een PCR uitvoert.]]> 2022-03-17 14:45:40 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2100217001 Overzicht genomisch DNA isoleren uit Listeria InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2100333412 2022-03-17 15:43:42 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/lns7hfhj4r1vtqx8/wish/2100333412